Pastaruosius du sezonus M.Šernius užėmė trenerio asistento pareigas Ukrainos komandoje Slobožanskės „Prometey“. Praėjusiame sezone klubas sėkmingai startavo Europos taurėje ir grupių etapą užbaigė 4-oje pozicijoje, iš turnyro pasitraukdamas ketvirtfinalyje.
2020-2021 m. sezone, užimdamas Prienų „CBet“ vyr. trenerio pareigas, šilutiškis buvo išrinktas Lietuvos Krepšinio Lygos (LKL) metų treneriu. Lietuvoje strategas yra darbavęsis „Šiauliuose“, kur karjeros pradžioje buvo asistentu, bei Pasvalio „Pieno žvaigždėse” – čia užėmė tiek trenerio asistento, tiek vyriausiojo trenerio pareigas.
M.Šernius per savo karjerą taip pat yra dirbęs Lietuvos vyrų rinktinės skautu bei Lietuvos moterų rinktinės vyriausiuoju treneriu.
M.Šernius pakeitė Virginijų Šeškų, kuris Jonavos ekipą treniravo nuo 2020-ųjų ir atvedė į LKL.
