„Audi A3“ vairuotojo ir priekinio keleivio saugumas priekinio ir šoninio smūgių atvejais įvertintas aukščiausiais balais. Vaikų apsauga – taip pat labai aukšto lygio. „Euro NCAP“ inžinieriai atskirai įvertino ir įspėjimo apie neužsegtus diržus funkciją, akcentuodami jos svarbą galinės sėdynės saugos diržams. Net bazinės komplektacijos „Audi A3“ turi tiek priekinių, tiek galinių saugos diržų įspėjimo funkciją.
Dabar visi automobilių gamintojai ypač didelį dėmesį skiria pėsčiųjų saugumui. „Audi A3“ šioje srityje taip pat nestokoja naujoviškų saugos sprendimų. Priekinė automobilio dalis suprojektuota taip, kad maksimaliai sumažintų susidūrimo su pėsčiuoju žalą žmogui. Sumažinti avarijos padarinius padeda ir aktyvus variklio gaubtas, kurį susidūrimo su žmogumi atveju pakelia specialus pirotechninis įtaisas. Būtent šios priemonės padėjo „Audi A3“ pelnyti aukštus balus pėsčiųjų saugos testuose.
„Audi A3“ įdiegta ir daug saugos priemonių, kurių nėra „Euro NCAP“ testuose ir kurios gerokai papildo bendrą automobilio saugumą. Tai ir standartinės dienos šviesos lemputės, didinančios „Audi A3“ pastebimumą, ir gausūs vairuotojo pagalbininkai, – tokie, kaip „Audi“ adaptyvinis tempomatas su priekiniais jutikliais („pre sense front“ sistema), pagalbininkai „Audi active lane assist“ ir „Audi side assist“ (atitinkamai, važiavimo savo eismo juosta ir persirikiavimo į kitą eismo juostą pagalbininkai), greičio ribojimo indikatorius ir net poilsio rekomendavimo sistema. Visa ši įranga nuo šiol už papildomą mokestį prieinama ir kompaktinės klasės automobiliuose. Be to kompaktinės klasės „Audi A3“ papildomos įrangos asortimentą papildė adaptyvinė šviesos spindulio ilgio reguliavimo sistema ir LED žibintai. Iki šiol tokia įranga buvo montuojama aukštesnių klasių automobiliuose.