Alionyse koplyčia buvo pastatyta dar XVIII a., bet šioji medinė bažnyčia čia iškilo 1932 m. 89 metus jau stovintys maldos namai tebežavi savo elegantišku paprastumu:
Bažnyčią suprojektavo žinomas architektas inžinierius Janas Borowskis, kuriam nuo 1929 metų liepos 1-osios lenkai pavedė Trakų pilių restauravimą.
Žinių įgijęs Sankt Peterburge, Ukrainoje ir Lenkijoje, J.Borowskis 1925 m. persikėlė į Vilnių, kur per 20 darbo metų paliko svarbų įspaudą architektūros paminklų Vilniuje ir Vilniaus krašte tyrime ir tvarkyme.
Edita Povilaitytė-Leliugienė savo straipsnyje Bernardinai.lt vardija, kad J.Borowskis vykdė Šv. Kazimiero bažnyčios matavimus ir tyrimus, parengė restauracijos projektą; vykdė ir kitų Vilniaus bei Vilniaus krašto bažnyčių matavimus, rengė tvarkybos projektus (Budslave, Vilniaus katedros, Vilniaus Aušros vartų koplyčios, Šv. Jonų bažnyčios varpinės, Bernardinų, Šv. Petro ir Povilo bažnyčios ir t. t.). Antrojo pasaulinio karo metais Borowskis atliko ypač įspūdingus Šv. Petro ir Povilo bažnyčios matavimų ir dokumentavimo brėžinius, plunksnele išpiešdamas barokinės bažnyčios interjerą ir jį puošiančius stiuko lipdinių siužetus bei dekoratyvinius elementus.
Meno istorikas ir restauratorius Stanisławas Lorentzas įtraukė jį į Krėvos, Trakų salos ir Vilniaus Aukštutinės pilies tyrimų komisijos sudėtį.
Kartu J.Borowskis projektavo ir naujas bažnyčias: Tymienice, Vaviorkoje, Rodūnėje, Leonpolyje, Pabarėje, Jašiūnuose, Švenčionėliuose, Naujoje Vilnioje, Rūdiškėse, Sudervės bažnyčios varpinę ir t. t. Viena jų – Alionių Švč. Mergelės Marijos nekaltojo prasidėjimo bažnyčia.
Medinė bažnyčia, pastatyta 1932 m., turi įdomių senesnės tradicijos statybinių žymių, rašoma Vilnijosvartai.lt. Navos sienos ir bokšto apatinysis tarpsnis suręstas iš tašytų sienojų ir neapkalti lentomis. Navos kerčių sąsparos iškištinės, ilgėjančios žemyn, lyg kontraforsai.
Bažnyčia turi plačią navą ir siauresnį bokštą, pristatytą priekyje. Ir čia bokštas sudėtas iš trijų tarpsnių, kaip varpinė. Žymūs šios bažnyčios geležiniai kryžiai (XIX a. pabaigos – XX a. pradžios, įtaisyti pagrindinio ir galinio fasadų bokštuose).
Istoriniu požiūriu Alionių parapija yra unikali Lietuvoje todėl, kad jos įsteigimą lėmė 1920 m. Lenkijos įvykdyta agresija prieš Lietuvą. Alionių parapijos riba sutampa su buvusia demarkacijos (administracijos) linija, skyrusia nepriklausomą Lietuvą nuo lenkų okupuotos Vilnijos dalies.
