Sujungti šias gydymo įstaigas sostinės valdžią įpareigojo 2009 metų Vyriausybės nutarimas, per trejus metus tai nebuvo padaryta.
Anot savivaldybės, pertvarkius ligonines, bus atsisakyta kai kurių padalinių dubliavimosi, efektyviau dirbs laboratorijų ir brangių technologijų tarnybos, sumažės administravimo išlaidos, pagerės teikiamų stacionarinių paslaugų kokybė ir prieinamumas vilniečiams.
Vilniaus miesto klinikinės ligoninės, prie kurios būtų prijungiama Vilniaus universitetinė Antakalnio ligoninė, biudžetas subalansuotas, paslaugų kokybė yra tinkama ir nuolatos gerinama. Be to, ši ligoninė darbuotojų ir lovų skaičiumi yra kelis kartus didesnė už Vilniaus universitetinę Antakalnio ligoninę, suteikia daugiau paslaugų ir turi gerai įrengtą diagnostinę bei gydomąją bazę.
Antakalnio ligoninę Vilniaus valdžia gegužę norėjo leisti išnuomoti sveikatos turizmo reikmėms, bet taryboje toks pasiūlymas buvo atmestas. Atsisakyti tokių planų savivaldybę ragino ir Seimo Sveikatos reikalų komitetas (SRK).
Vilniaus universitetinė Antakalnio ligoninė veikė nuo 1966 metų. Joje yra Kardiologijos, Vidaus ligų diagnostikos, Neurologijos, Nefrourologijos, Dienos chirurgijos, Vaikų alergologijos (vienintelis skyrius šalyje) Medicininės reabilitacijos skyriai, poliklinika. Ligoninės teritorijoje iš 490 metrų gylio gręžinio trykšta mineralinis vanduo, kuris naudojamas gydomosioms vonioms.
