Pradėta nuo Žemaitijos regiono, nes jis mažiausiai tyrinėtas. Žemaitijos regioną sudaro 6 apskritys ir Klaipėdos kraštas. Autoriai rinko medžiagą apie Kretingos (12 valsčių), Mažeikių (8 valsčiai), Raseinių (12 valsčių), Tauragės (13 valsčių), Telšių (9 valsčiai) apskritis, Šiaulių apskrities vakarinę dalį (10 valsčių), taip pat Klaipėdos kraštą. Apimta apie 70 vietovių, kuriose vyko žydų žudynės ir pastatyti paminklai.
Surinkta daug medžiagos, patikslintos žudynių datos, aplinkybės, identifikuotos žudynių vietos. Renkant medžiagą buvo vykstama į žudynių vietą, ieškomi ir apklausiami liudininkai, fiksuojama bet kokia žinutė apie žudynes. Peržiūrėti straipsniai, išspausdinti tų rajonų laikraščiuose, interneto puslapiuose. Šiandien galima naudotis archyvais ir tai sudarė sąlygas tiksliai identifikuoti nužudytųjų skaičių, baltaraiščius, dalyvavusius žudynėse, ir kita. Autoriams teko rinkti medžiagą ir iš Izraelyje gyvenančių žydų, kurie tiesiogiai patyrė holokausto siaubą. Naudotasi ir Izraelyje išleistomis knygomis – „Encyclopedia of Jewish Communities. Lithuania.“ 1996, „Memorial Book of Skuodas (Lithuania)“, 1948, – ir kitais. Daug naujų faktų rasta videomedžiagoje, kurioje buvo įrašyti dar gyvų žydų liudijimai.
Iš gausios medžiagos – knygų, straipsnių, videoįrašų, bylų, esančių archyvuose, – padaryta žydų žudynių sintezė. Taigi ši knyga yra pirmas išsamus tyrimas apie Žemaitijos regiono žydų bendruomenės žūtį. Prie jos pridėtas dokumentinis videofilmas „Blėstanti praeitis“ (DVD, titrai anglų kalba, trukmė 30 min.) apie užmirštas žydų žudynių vietas.
Knygos pavadinimas „Holokaustas Žemaitijoje“ neatsitiktinis. Tai enciklopedinis žinynas apie žydų žudynes šiame regione, visiems sušaudytiems Žemaitijos žydams skirtas rašytinis paminklas, kuriuo reiškiama pagarba nužudytiems gentainiams.
