Rašytojas gimė 1940 m. Gulbiškiuose, Vilkaviškio rajone. 1959 m. baigė Pilviškių vidurinę mokyklą. Mokydamasis ir baigęs vidurinę dalyvavo Vilkaviškio rajono literatų veikloje. Eilėraščius kūrė nuo pat mažumės, dar mokydamasis vidurinėje mokykloje tapo vietinio laikraščio korespondentu ir netgi gavo „Korespondento pažymėjimą“.
1964 m. baigė Klaipėdos jūreivystės mokyklą (dabar Lietuvos aukštoji jūreivystės mokykla), įgydamas techniko-laivavedžio kvalifikaciją, 1967 m. jam suteikta kapitono kvalifikacija.
1971 m. J.Kantautas baigė Vilniaus universitetą ir įgijo žurnalisto kvalifikaciją. 1964–1967 m. įvairiuose laivuose dirbo tolimojo plaukiojimo šturmanu, vėliau – „Tarybinės Klaipėdos“ korespondentu. 8-ajame dešimtmetyje jis įkūrė ir redagavo laikraščio priedą „Vėjų rožė“, skirtą marinistinei kūrybai, laivynų ir jūrų istorijai.
Nuo 1969 m. vidurio su bendraminčiais organizavo pamaryje Poezijos savaites, literatūrinius trečiadienius, kurių metu aptariami ir laikraščio literatūriniam priedui „Gintaro lašai“ skirti kūriniai.
Pasak Lietuvos rašytojų sąjungos Klaipėdos skyriaus pirmininkės Nijolės Kliukaitės-Kepenienės J.Kantauto knygos „Baltoji banga“, „Jūros pilnatis“, „Kranto randai“, „Vandenyno žemė“, „Reisų ratai raibuliuos“, „Jūrą ir dangų“, „Bangų kalavijai“ – viskas apie žmogų jūroje, žmogaus ir jūros nenutraukiamą ryšį.
Vėliau dirbo „Lietuvos žvejo“ korespondentu, Visasąjunginės autorių teisių gynimo agentūros įgaliotiniu Klaipėdos zonai, Lietuvos persitvarkymo sąjūdžio (LPS) Tarybos laikraščio „Klaipėdos keleivis“ redaktoriaus pavaduotoju.
1972 m. priimtas į Lietuvos žurnalistų sąjungą. 1972–1977 m. buvo Klaipėdos jaunųjų rašytojų sekcijos pirmininkas. 1991–2006 m. Klaipėdos miesto lietuvių kalbos komisijos pirmininkas.
Nuo 1991 m. – Lietuvos jūrininkų sąjungos narys, nuo 2010 m. – Lietuvos meno kūrėjų asociacijos narys.
2016 m. J.Kantautas apdovanotas Ievos Simonaitytės premija.