Į kultūros vertybių registrą įrašytai medinei Varėnos sinagogai nustatytas vietinis reikšmingumo lygmuo.
Ši sinagoga pastatyta XX amžiaus pradžioje. Po Antrojo pasaulinio karo beveik tris dešimtmečius pastate buvo įsikūrę Varėnos kultūros namai.
Šiuo metu sinagogos pastatas priklauso privačiam asmeniui.
Architektūros istorikės Marijos Rupeikienės teigimu, Lietuva yra viena iš nedaugelio šalių, kurioje išlikusios medinės sinagogos. Todėl šiais pastatais labai domisi įvairių kraštų mokslininkai, o vertingiausių Lietuvos sinagogų maketai ir brėžiniai, istorinės nuotraukos praturtina užsienio šalių muziejų ekspozicijas.