Kėdainių, Šiaulių, Prienų komandos 2012-2013 metų sezone startuos su naujais pavadinimais – kėdainiškiai susigrąžino „Nevėžio“ vardą, Šiaulių ekipa vadinsis „Šiauliai Triobet“, Prienų ekipa – „Prienai“. Kauno „Baltų“ ekipą pakeitė visas jos teises ir pareigas perėmusi Kauno „LSU-Baltai“ komanda. Pastarojo klubo direktorius Edas Nickus patvirtino, jog komanda ieško vyriausiojo trenerio, ekipa namų rungtynes žais Kauno sporto halėje.
LKL čempionato sistema išliko nepakitusi: reguliariajame LKL sezone komandos sužais du ratus. Išimtis padaryta tik „Žalgirio“ ir „Lietuvos ryto“ komandoms, kurie rungtyniaus tik išvykose bei du kartus sužais tarpusavyje. Ši išlyga LKL grandams padaryta dėl įtempto tvarkaraščio grafiko.
Į atkrintamąsias varžybas pateks 8 geriausios čempionato komandos. Pusfinalyje komandos kovos iki 2 pergalių. Mažajame finale – iki 3 pergalių, didžiajame finale – iki 4 pergalių.
Dėl „Žalgirio“ ir „Lietuvos ryto“ rungtyniavimo tik išvykose (reguliariajame sezone), pasikeitė taškų skaičiavimo sistema LKL turnyrinėje lentelėje. Komandos bus klasifikuojamos pagal laimėtų/pralaimėtų rungtynių procentą. Taip pat joms bus skiriami taškai: už kiekvienas laimėtas rungtynes skiriamas 1 taškas, už pralaimėtas – 0 taškų.
Paskutinę vietą LKL reguliariame 2012-2013 m. sezone užėmusi komanda praras teisę rungtyniauti kitame LKL sezone. Ją pakeis komanda – NKL čempionė, jei ji atitiks kriterijus, nustatytus LKL klubams. Jie NKL čempionė neatitiks kriterijų, nustatytų LKL klubams, LKL čempionate rungtyniauti liks paskutinę vietą LKL reguliariajame sezone užėmusi komanda.
