Lėšų ketinama prašyti iš Europos Sąjungos struktūrinių fondų, Vyriausybės, vėliau žadama kreiptis paramos į Vokietijos fondus.
Pasak Klaipėdos evangelikų liuteronų Šv. Jono atminimo bažnyčios labdaros ir paramos fondo direktorės Lilijos Petraitienės, Šv. Jono bažnyčios projektavimas vyks keliais etapais. Iš pradžių bus projektuojamas 70 metrų aukščio bažnyčios bokštas, kuris tarnaus ne tik liuteronams, bet ir miestiečiams, svečiams, nes jame planuojama įkurti Turizmo informacijos centrą, apžvalgos aikštelę ir pan. Antruoju etapu bus projektuojama pati bažnyčia, o galiausiai – jos interjeras ir aplinka.
Bažnyčia bus atstatoma tokio pat dydžio ir išvaizdos, kokia stovėjo iki sunaikinimo Antrojo pasaulinio karo metu, nes rasti autentiški jos brėžiniai.
Šv. Jono bažnyčios su bokštu atkūrimo Klaipėdoje projektą Seimas yra pripažinęs svarbiu valstybei.
Numatoma Klaipėdos senamiesčio centrinėje dalyje, Turgaus gatvėje, iki 2027 metų gruodžio 31 dienos atstatyti originalaus dydžio ir formos Šv. Jono bažnyčią su bokštu.
Pirminiais skaičiavimais, bendra projekto vertė – 16,8 mln. eurų.
Šv. Jono bažnyčia būtų pirmoji iš sugriautų Antrojo pasaulinio karo metais atstatyta bažnyčia Klaipėdoje.
Klaipėdos evangelikų liuteronų bendruomenė dabar neturi maldos namų, pamaldos vyksta tam nepritaikytose patalpose – buvusiame klebonijos pastate.
Ketinama atkurti bažnyčią su 75 metrų aukščio bokštu – taip, kaip ji atrodė po 1856–1858 metų rekonstrukcijos. Tuomet maldos namai rekonstruoti po gaisro.
1944 metais Šv. Jono bažnyčia apgadinta karo veiksmų, sovietų valdžia jos neleido restauruoti. Apleista bažnyčia stovėjo apdegusiomis sienomis ir apgadintu stogu. Jos sienos imtos ardyti, o plytos ruošiamos antriniam naudojimui. Po kelerių metų griuvėsiais virtęs pastatas buvo galutinai nugriautas.
