Pasak prokuratūros atstovo spaudai Gintauto Stalnionio, ikiteisminio tyrimo metu buvo nustatyta, kad „nepadaryta veika, turinti nusikaltimo ar baudžiamojo nusižengimo požymių“, todėl tyrimas vasario 11 dieną buvo nutrauktas.
Skundą dėl tokio sprendimo aukštesniam prokurorui buvo galima pateikti per 14 dienų nuo nutarimo nuorašo gavimo, tačiau skundų negauta.
Apie tyrimo nutraukimą oficialaus pranešimo spaudai nebuvo. Tai paaiškėjo tik ketvirtadienį per Vilniaus apygardos administracinio teismo posėdį, nagrinėjant P.Stankero prašymą grąžinti jį į darbą Vidaus reikalų ministerijoje, iš kur jis atleistas pos skandalo. Apie nutrauktą tyrimą teismo posėdyje užsiminė P.Stankero advokatė.
Paklaustas, kodėl nebuvo pranešta apie sprendimą didelio susidomėjimo sulaukusiame tyrime, prokuratūros atstovas atsakė: „Niekas nereglamentuoja, kad kiekvienas nutrauktas arba pabaigtas ikiteisminis tyrimas būtų praneštas žiniasklaidai“.
„Proceso dalyviai yra informuoti, tai yra Žmogaus teisių centras ir Lietuvos žydų bendruomenė“, – teigė G.Stalnionis.
„Tai, kad domisi, žinau, kad domisi. Ir Irma Jurgelevičiūtė žiniasklaidai buvo labai įdomi. Tiesiog yra kaip yra. Man nepranešė, aš nesužinojau. Galbūt aš tą būčiau padaręs“, – kalbėjo jis.
Apie tyrimo nutraukimą oficialaus pranešimo spaudai nebuvo.Ikiteisminis tyrimas apygardos prokuratūroje buvo pradėtas pagal straipsnį, numatantį atsakomybę už viešą pritarimą tarptautiniams nusikaltimams, SSRS ar nacistinės Vokietijos nusikaltimams Lietuvos Respublikai ar jos gyventojams, jų neigimą ar šiurkštų menkinimą. Kaltu paskelbtam asmeniui gresia bauda arba laisvės apribojimas, arba areštas, arba laisvės atėmimas iki dvejų metų.
Lapkričio pabaigoje septynių Europos šalių ambasadoriai laiške vidaus reikalų ministrui išsakė pasipiktinimą dėl rašinio, kuriame ministerijoje vidutinio rango pareigas užėmęs istorikas rašė: „Svarbu ir tai, kad Niurnbergo procese teisinį pagrindą įgavo legenda apie 6 mln. neva nužudytų žydų, nors iš tiesų teismas neturėjo ne vieno A. Hitlerio pasirašyto dokumento apie žydų naikinimą (šio dokumento, jeigu jis egzistavo, iki šių dienų niekas nerado, nors pažadėta net milijono dolerių premija)“.
Britanijos, Estijos, Nyderlandų, Norvegijos, Prancūzijos, Suomijos ir Švedijos ambasadoriai laiške pareiškė, kad šis teiginys prilygsta holokausto neigimui, todėl nusipelno pasmerkimo. Vėliau straipsnį atskirame atvirame laiške pasmerkė ir Lenkijos ambasadorius.
Kilus pasipiktinimui, P.Stankeras paprašė atleisti jį iš darbo ministerijoje, o ministras atsiribojo nuo jo pavaldinio išsakytų minčių.
Vis dėlto sausio pabaigoje Vilniaus apygardos administracinis teismas pradėjo nagrinėti P.Stankero skundą, kuriuo šis prašo sugrąžinti jį į darbą ministerijoje. Teismo posėdyje istorikas tvirtino patyręs vidaus reikalų ministro spaudimą.
Savaitraščio „Veidas“ vyriausiasis redaktorius Gintaras Sarafinas teigia, kad P.Stankeras niekada neneigė holokausto, o nesusipratimas įvyko dėl vieno sakinio, kuris buvo klaidingai suprastas.
