Tie žymūs visuomenės veikėjai kaltinimus laisvės kovotojui bando sutvirtinti LGGRTC generalinės direktorės Teresės Birutės Burauskaitės, kuri pati yra pasipriešinimo sovietiniam okupaciniam režimui dalyvė, autoritetu. Tačiau direktorė nėra nei sakiusi, nei rašiusi, kad „Jonas Noreika glaudžiai kolaboravo su nacių valdžia bei esmingai prisidėjo prie Lietuvos žydų naikinimo“.
Priešingai: LGGRTC turima archyvinė ir istorinė medžiaga liudija Joną Noreiką buvus ne tik antisovietinio, tačiau ir antinacinio pasipriešinimo dalyviu. Atlikto tyrimo rezultatai patvirtino, kad J.Noreikos buvimas Plungėje visiškai nesutampa su pasibaisėtinomis šio miestelio žydų žudynėmis. Todėl LGGRTC yra pareiškęs, kad J.Noreika nesusijęs su Plungės žydų žūtimi.
Vokiečiai Plungę užėmė birželio 24 d. Šio mėnesio pabaigoje Plungėje įsteigta vokiečių karo komendantūra, kurioje dirbo apie 20 vokiečių (Lietuvos ypatingasis archyvas, f. K-1, ap. 46, b. 1254). Tuo Plungės žydų likimas buvo nulemtas. J.Noreikos ir kitų rezistencijos dalyvių žeminimo ir niekinimo srityje besispecializuoją asmenys tradiciškai nutyli vokiečių nacių iniciatyvą masiškai sunaikinti žydus, tuo sąmoninga tyčia siekdami įteigti, jog tai buvusi lietuvių akcija.
Tokią „tradiciją“ sukūrė naciai, kurie pasmerktiems žydams veidmainiškai tvirtino, kad jiems verta kuo greičiau patiems laisvanoriškai persikelti į getus, nes lietuviai atsisako kartu su jais gyventi, todėl jų gyvybei iškilęs pavojus.
J.Noreika – antisovietinio ginkluoto ir antinacinio neginkluoto pasipriešinimo (rezistencijos) dalyvis, Lietuvos Respublikos kariuomenės kapitonas, teisininkas, literatas, publicistas, 1941 m. birželio mėn. sukilimo dalyvis, nacistinio Štuthofo koncentracijos lagerio kalinys, Lietuvos Tautinės Tarybos pirmininkas, ginkluoto pasipriešinimo sovietų okupacijai (pogrindžio ginkluotųjų pajėgų) organizatorius ir vadovas, Sovietų sąjungos karinio tribunolo nuteistas mirties bausme ir 1947 m. vasario 26 d. sušaudytas.
1941 m. rugpjūčio 5 d. J.Noreika pradėjo eiti Šiaulių apskrities viršininko pareigas, į kurias jį paskyrė po antisovietinio sukilimo suformuotos Lietuvos Laikinosios vyriausybės Vidaus reikalų ministras plk. Jonas Šlepetys.
J.Noreikai reiškiamas kaltinimas buvus Žagarės geto steigimo iniciatoriumi ir organizatoriumi. Tai neatitinka dokumentuotų faktų, nes Žagarės geto steigimas pradėtas 1941 m. liepos mėn., t. y. iki J.Noreikos paskyrimo į Šiaulių apskrities viršininko pareigas.
Oficialiai Žagarės getas pradėjo funkcionuoti 1941 m. rugpjūčio 2 d., o Šiaulių getas – 1941 m. liepos mėn. (Vokiečių okupacijos metais Lietuvoje veikusių getų, koncentracijos stovyklų ar kitokio tipo prievartinių stovyklų sąrašas; Valstybės žinios, 2010 m. kovo 23 d.).
Kita vertus, tokio specifinio darinio kaip getas steigimas nebuvo apskrities viršininko ar kito lietuviškos ribotos savivaldos pareigūno jurisdikcijoje. Lietuvos žydų sutelkimo į getus iniciatoriai ir organizatoriai buvo aukščiausi Vokietijos Reicho pareigūnai ir jų statytiniai okupuotose teritorijose, pavyzdžiui, Ostlando (Rytų krašto) komisaras Heinrichas Lohse, Šiaulių apygardos komisaras Hansas Gewecke.
Vokietijos Reicho kariuomenei įžengus į sovietų okupuotą ir prieš sovietų okupantą sukilusią Lietuvą, nacių pareigūnai įvairiomis progomis žydų likimu susirūpinusiems lietuvių visuomenės veikėjams išdidžiai pareikšdavo, kad žydai netenka visų pilietinių teisių ir nepriklauso lietuviškos periferinės administracijos kompetencijai.
Absoliučiai ignoruoti naujo okupanto nurodymus ir iš karto atvirai priešintis nebūtų buvusi išeitis. Tokiu atveju naciai būtų sukūrę savo visiškai kolaborantinį valdymo aparatą. Dėl to būtų buvę tik blogiau. Ir naciai suvokė, kad jiems labiau apsimoka taktiškai laviruoti tarp savų strateginių tikslų ir lietuvių savivaldos, negu totaliai pašalinti vietinę administraciją.
Vokiečių pareigūnai išsireikalaudavo formalius parašus ant atskirų raštų iš Lietuvos savivaldos pareigūnų, tarp jų – apskričių viršininkų, tačiau tiktai po to, kai patys prieš tai jau buvo pasirašę ir sankcionavę žydų diskriminaciją plečiančius dokumentus.
Akivaizdu, kad žydų persekiojimo veiksmuose J.Noreika nedalyvavo: jis nebuvo šio proceso iniciatorius ir rengėjas.
Šiaulių ir Žagarės getai įsteigti iki jo paskyrimo, žydų teises ribojantys pirmieji dokumentai irgi pasirodė anksčiau.
Pirmieji sprendimai, susiję su žydų izoliacija Šiaulių apskrityje, datuoti liepos 5 d. Nacių kontroliuojamas vietinis laikraštis „Tėvynė“ liepos 13 d. publikavo bjaurų užsipuolantį straipsnį „Žydų klausimas turėtų būti išspręstas iš esmės“.
Skelbimas dėl žydų diskriminacinės padėties išleistas liepos 18 d. Jame nurodyta, kad dalis Šiaulių miesto žydų turi persikelti į Šiaulių getą, kiti – į Žagarę (Šiaulių getas: kalinių sąrašai 1942, Vilnius, 2002). Kitas panašaus turinio įsakymas pasirodė liepos 23 d. ir išplatintas kaip skelbimas Nr. 6. Jame rašoma apie draudimus žydams, pabrėžiama, kad nuo liepos 25 d. jie turi iš miestelių išsikelti (Lietuvos centrinis valstybės archyvas, f. R-1099, ap. 1, b. 1).
Šiaulių apskrities viršininko administracijos 1941 m. rugpjūčio 6 d. dokumente pažymėta, kad žydų tautybės piliečiai, kurie nėra aktyviai dalyvavę komunistiniame veikime, turi teisę savo turtą perleisti kitam asmeniui arba parduoti, o žydų tautybės piliečiai perkraustomi į kitas nuolatines gyvenimo vietoves gali pasiimti kilnojamojo turto savo nuožiūra (Ten pat).
Rugpjūčio 14 d. Šiaulių apygardos komisaras Hansas Gewecke išleido įsakymą, nurodantį, kad visi žydai, taip pat ir pusžydžiai be išimties turi būti iškeliami į paskirtus rajonus – getus. Kai mišriose šeimose ariškoji pusė nenori skirtis nuo žydiškosios pusės, tai ji taip pat perkeliama į getą. Visas žydų turtas turi būti saugojamas ir sudaromi tikslūs sąrašai (Ten pat).
Įvairiuose rašytiniuose ir publikuotuose šaltiniuose atsispindi J.Noreikos nuostatos vokiečių okupacijos metais. J.Noreiką pažinojęs ir su juo bendravęs Damijonas Riauka prisimena pirmąsias karo ir sukilimo dienas: „Sutikome vežimą, kuriame po pirmųjų karo audrų važiavo žydų šeima. Šią šeimą sudarė vyras, žmona ir du mažamečiai vaikai. /.../ Mūsų kapitonas (Jonas Noreika) ir kiti vyresnio amžiaus kuopos kariai apstojo ratu jo vežimą ir ėmė įkalbinėti žydą tuoj pat sukti iš kelio, kuo skubiausiai važiuoti į kaimą ir slėptis nuo vokiečių kareivių. /.../ Žydas paklausė ir tuoj pat, atsukęs vežimą atgal, skubiai nuvažiavo į kitą kelią Stonaičių link“ (Viktoras Ašmenskas, Generolas Vėtra, 1997). Plungės rajono Mardosų kuopos sukilėlių, kuriems Jonas Noreika vadovavo, paklaustas, kaip reikia elgtis su vokiečiais, Jonas Noreika atsakė: „Rusai mums nedraugai, o vokiečiai – ne broliai“ (Damijono Riaukos gyvenimo ir rezistencinės veiklos aprašymas, 1997).
Dirbdamas Šiaulių apskrities viršininko pareigose J.Noreika artimai bendravo ir bendradarbiavo su žydų gelbėtoju, Šiaulių gydytoju Domu Jasaičiu, vėliau pasitraukusiu į Vokietiją.
D.Riauka yra paliudijęs, kad J.Noreika „1941 m. liepą kartu su kitais 10 Žemaitijos inteligentų reikalavo vokiečių vadovybę uždrausti genocidą prieš lietuvių ir žydų tautybių žmones ir suteikti Lietuvai savivaldą. 1943 m. vasario mėn. parašė straipsnį „Šių dienų Vokietija“, kuriame demaskavo nacistų režimo pragaištingumą kaip lietuvių tautai, taip ir pačiai Vokietijai“ („Ūkininkas“, 1994 m. vasaris, Nr. 51; „Trimitas“, 1996 m. kovas, Nr. 3). Straipsnį naciai uždraudė spausdinti. D.Riauka reziumuoja: „Jonas Noreika neskirstė okupanto į savus ir svetimus. Kuris tik bandė pavergti Lietuvą – Jonui Noreikai buvo tik priešas“.
Dirbdamas Šiaulių apskrities viršininko pareigose J.Noreika artimai bendravo ir bendradarbiavo su žydų gelbėtoju, Šiaulių gydytoju Domu Jasaičiu, vėliau pasitraukusiu į Vokietiją. D.Jasaitis tuo metu stengėsi mirčiai pasmerktiems žydams padėti, dėl jų kreipėsi į vokiečius, iš kurių susilaukė grasinimų, prisidėjo organizuojant žydų gelbėjimą, pats, rizikuodamas gyvybe, yra jų išgelbėjęs, už žydų gelbėjimą Lietuvos Respublikos apdovanotas Žūvančiųjų gelbėjimo Kryžiumi (po mirties). J.Noreikos duktė Dalia, pasak šiauliečio Stanislovo Grunskio pasakojimo, dalydavo gatvėje praeinantiems žydams motinos iškeptas bandeles (Viktoras Ašmenskas, Generolas Vėtra, 1997).
Anot vieno iš 1941 m. birželio sukilimo organizatorių, Štuthofo konclagerio kalinio Pilypo Naručio, J.Noreika gynė Šiaulių apskritį nuo nacių užmačių, jo pastangos daug padėjo pereiti į vieningą antinacinę pogrindžio veiklą. Vokiečių okupacijos metais aktyviai veikė Lietuvos Laisvės Armija, pogrindyje įkurtas Lietuvių Frontas ir jo karinis padalinys „Kęstutis". Lietuvos Laisvės Armijos ir „Kęstučio" grupuotės veikė ir Šiaulių apygardoje, kur joms vadovavo Šiaulių apskrities viršininkas Jonas Noreika.
J.Noreika atsisakė vykdyti nacių suplanuotą mobilizaciją į Waffen-SS legioną ir boikotavo kitus nacių užmojus, apie tai atvirai pareiškė generaliniams tarėjams (J.Matulionis, Neramios dienos, Torontas, 1975). Todėl 1943 m. kovo 17 d. areštuotas, išvežtas į gestapo būstinę Kaune, vėliau per kelis kalėjimus etapuotas į Štuthofo koncentracijos stovyklą (kalinio numeris 21330). Kaltinimą jam pareiškė ir suformulavo vokiečių saugumo policijos ir SD vadas Lietuvai, beje, vadovavęs žydų žudynėms, Karl Jäger: „vadovavo lietuvių pasipriešinimo judėjimui ir ypač kurstė prieš Reicho komisaro paskelbtą lietuvių tautos mobilizaciją. Ostlando saugumo policijos ir SS vyriausiojo vado įsakymu, suderinus su aukštesniuoju vadu, siunčiamas tolesniam laikui į Reiche esančią koncentracijos stovyklą“.
J.Noreika sugebėjo pasiekti, kad būtų įkurtas Lietuvių meno ir mokslo centras. Ši visuomenine iniciatyva pagrįsta organizacija pirmiausia savo veiklą pradėjo Šiauliuose (Stanislovas Buchaveckas (Lietuvos istorijos institutas), Jonas Noreika-Generolas Vėtra; Lygumai. Stačiūnai, Vilnius, 2001). J.Noreika taip pat padėdavo valstiečiams išvengti baudų už duoklės nacių valdžiai nepildymą, rasdavo būdų sumažinti pyliavas, sulaikyti vokiečių pareigūnus nuo represijų prieš gyventojus, neįvykdžiusius prievolių.
Sugrįžęs į Lietuvą, 1945 m. lapkričio mėn. J.Noreika atvyko į Vilnių ir įsidarbino Mokslų akademijoje teisininku. 1946 m. sausio mėn. nepriklausomos demokratinės valstybės atkūrimo tikslu įkūrė antisovietinę rezistencinę Lietuvos Tautinę Tarybą, turėjusią atlikti pogrindžio centro funkciją ir siekusią apjungti visas pogrindyje veikiančias pasipriešinimo organizacijas bei ginkluotąsias partizanų pajėgas.
Lietuvos Tautinės Tarybos pavaldume turėjo veikti partizanai, vadovaujami Lietuvos ginkluotųjų pajėgų vyriausiosios vadovybės. J.Noreika išrinktas Lietuvos Tautinės Tarybos pirmininku ir Lietuvos ginkluotųjų pajėgų vyriausiuoju vadu.
Lietuvos Tautinė Taryba palaikė artimus ryšius su Lietuvos Laisvės Armijos Žemaičių legionu, plėtė įtaką kituose regionuose, kūrė karines apygardas, karinius štabus ir kovinius padalinius, ryšių su jomis sistemą, siekė užmegzti ryšį su Vakarais, kaupė ginklus, telkė ryšininkus ir jaunimo grupes, išleido eilę įsakymų, instrukcijų, direktyvų, kurias persiuntė partizanams, vidaus ir tarptautinių įvykių apžvalgas, atsišaukimus į Lietuvių tautą ir Laisvąsias pasaulio tautas dėl Lietuvos valstybės atkūrimo. J.Noreikos rezistencinis slapyvardis Generolas Vėtra.
Memorialinėje lentoje ant LMA Vrublevskių bibliotekos pastato nėra nei vieno netiesos žodžio: „Šiuose rūmuose 1945-1946 m. dirbo žymus rezistentas Lietuvos Tautinės Tarybos ir Lietuvos ginkluotųjų pajėgų organizatorius ir vadas Jonas Noreika-Generolas Vėtra. Sušaudytas 1947 02 26“. Gaila, kad joje nėra pažymėta, jog Jonas Noreika buvo antinacinio pasipriešinimo dalyvis.
Istorikas dr. Arvydas Anušauskas yra pažymėjęs: „Žmonės, kurie nesusitaikė su nacistine okupacija, nesusitaikė ir su sovietine okupacija“. Istorikas dr. Algirdas Jakubčionis akcentavo, kad „sovietmečiu, turint omenyje visą to meto ideologiją, reikėjo pasakyti, kad lietuviai kolaborantai staiga buvo pačių saviškių, pačių nacių išvežti į lagerius. Tokiu atveju, būtų reikėję pasakyti, kad tai buvo ir lietuviai, kurie kovojo prieš nacius, kurie įnešė indėlį į Lietuvos siekį būti laisvais, tikėjimą ateitimi“.
Istorikas akademikas dr. prof. Antanas Tyla: „Lietuviai gali tik didžiuotis Generolo Vėtros pasiaukojimu Lietuvai. Jis nekūrė žmonių naikinimo programos. Jis telkė jėgas Lietuvos Nepriklausomybei atkurti ir už tai sovietiniai okupantai Jį sušaudė“.
Kaltinamas sovietų okupacinės valdžios J.Noreika pripažino dalį kaltinimų dėl veiklos prieš sovietų okupaciją, tačiau atmetė kaltinimus dėl veiklos nacių okupacijos metais.
Kaltinamas sovietų okupacinės valdžios J.Noreika pripažino dalį kaltinimų dėl veiklos prieš sovietų okupaciją, tačiau atmetė kaltinimus dėl veiklos nacių okupacijos metais: „Pateiktas kaltinimas man aiškus. Prisipažįstu kaltas iš dalies, išskyrus tai, kad savanoriškai tarnavau vokiečiams". Archyvuose nėra jokios autentiškos medžiagos, kuri įrodytų ar patvirtintų, kad J.Noreika vykdė žydų genocidą, davė įsakymą žudyti, dalyvavo masinėse naikinimo akcijose.
1991 m. gegužės 27 d. Lietuvos Aukščiausiasis Teismas J.Noreiką reabilitavo (Viktoras Ašmenskas, Generolas Vėtra, 1997). Šis teisinis, politinis ir istorinis aktas priimtas išanalizavus sovietų saugumo sudarytą J.Noreikos baudžiamąją bylą. Lietuvos Aukščiausiasis Teismas šiuo aktu pripažino, kad J.Noreika nenusikaltęs Lietuvos Respublikai. Priimant šį sprendimą buvo žinoma, kad jis vokiečių okupacijos metais ėjo Šiaulių apskrities viršininko pareigas, nes toks buvo vienas iš jam pareikštų kaltinimų.
Vaikščiodamas po Vilnių ir juo grožėdamasis pastebiu daug atminimo lentų, skirtų įvairiems asmenims. Anądien eidamas pro Lukiškių kalėjimą ant jo sienos pastebėjau memorialinę lentą žymiam Izraelio valstybės veikėjui Menachemui Beginui, kuris pirmosios sovietų okupacijos metu buvo kalinamas šiame kalėjime.
Jo vadovaujama pogrindinė už Izraelio valstybės sukūrimą kovojusi nacionalistinė organizacija Irgun, vartojusi partizaninio karo taktiką ir nevengusi teroro, 1946 m. liepos 22 d. įvykdė šiurpią prieš antihitlerinės koalicijos sąjungininkus britus nukreiptą akciją: susprogdino (panaudota 350 kg sprogmenų) Jeruzalės „King David“ viešbutį. Žuvo 91 žmogus (41 arabas, 17 žydų, 28 britai, 5 kitų tautybių), 46 sužeisti. Nepaisant to, jo atminimas brangus Lietuvos ir Izraelio žydams.