Yra duomenų, kad nenorėję palikti grobio priešams, traukdamiesi savi kareiviai apiplėšė miestą, o baigė plėšti jau maskvėnai. Nuo pastarųjų ypač nukentėjo bažnyčios ir vienuolynai.
Nors to meto atsiminimuose minima, kad matyti daug gaisraviečių, bet nėra duomenų, kad užimant miestą būtų kilę gaisrų, nes kovų nebuvo. Dar 1654 m. ATR seimas dėl didelio gaisro atleido Kauną ketveriems metams nuo mokesčių. Tad mieste galėjo būti senų gaisraviečių, nors plėšikavę savi ir svetimi kareiviai taip pat galėjo sukelti vieną kitą gaisrą.
Nauji šeimininkai, nauja tvarka
Rugsėjo 3 d. į Kauną tarnauti įgulos vadu buvo pasiųstas vaivada, pulkininkas Sila Stepanovas, garnizono tarnybai paskirti daliniai – 30 dragūnų ir 2 pulkai pėstininkų. Įgulai skirta 10 varinių patrankų, šaudmenų joms bei dagties, švino ir parako šautuvams.
Užėmę Kauną rusai toliau į Žemaitiją nesiveržė, bet iš miesto didesni ir mažesni jų daliniai nuolat siautėjo po apylinkes, bandė priversti gyventojus prisiekti carui ir ieškojo maisto.
Nurodyta gerai įrengti stovyklą, įsitvirtinti ir, negailint gyvybės, ginti miestą bei apylinkes nuo lietuvių, kitų priešų, sekti jų judėjimą, palaikyti tvarką tarp įgulos kareivių, juos teisti ir bausti. Įsakyta visur išstatyti sargybas apsaugai ir žiūrėti, kad stovykloje neprekiautų vynu ir tabaku, kad nebūtų ištvirkavimo (bliadni) bei vagysčių ir žaidimų kauliukais.
Sila Stepanovas Kauno vaivada buvo iki 1657 m. liepos 13 d., mirė maro metu, kuris nusiaubė visą miestą ir šalį.
Užėmę Kauną rusai toliau į Žemaitiją nesiveržė, bet iš miesto didesni ir mažesni jų daliniai nuolat siautėjo po apylinkes, bandė priversti gyventojus prisiekti carui ir ieškojo maisto. Tai kėlė gyventojų nepasitenkinimą ir susidūrimus su miesto apylinkėse šmirinėjančiais lietuvių daliniais.
Pasak istoriko Antano Tylos, 1656 m. išvijus švedus iš Žemaitijos Kaunas tapo pafrontės miestu ir tvirtove, kurią visos kariaujančios pusės norėjo turėti, nes kas kontroliavo šį miestą, tas kontroliavo visą laivybą Nemunu ir Nerimi.
Maskvėnai norėjo Kauno pilį paversti galinga tvirtove, todėl aplink ją kasė griovius. Bent 1656 m. mieste be pilies, regis, dar buvo įtvirtinta maskvėnų stovykla kitapus miesto, prie Šv. Kryžiaus bažnyčios ant Nemuno kranto. Jau 1655 m. spalį mieste veikė okupantų įkurta administracija ir teismo įstaiga, kurioje kauniečiai sprendė tarpusavio ir su kariškiais siejamas bylas. Kaune nebuvo stačiatikio dvasiškio, todėl kariškiams buvo atsiųstas popas, jam skirta alga.
Apskaičiuota, kad maskvėnų kariuomenei artėjant nuo Vilniaus prie Kauno į Prūsiją pabėgo maždaug 480 vokiečių. Matyt, pabėgo daug ir kauniečių. 1656 m. žiemą prūsų valdžia, spaudžiant švedams, pareikalavo pabėgėlių iš LDK ištikimybės priesaikos, tarp prisiekusiųjų įrašų įvairiomis kalbomis yra pirmas lietuviškas Kauno paminėjimas: Gustene Marcziulaitiene naszle isz Kauno.
1656 m. Lietuvoje aprimo karo veiksmai, nemaža dalis pabėgėlių kauniečių grįžo namo. Tuo metu atsigavo prekyba Nerimi ir Nemunu tarp Vilniaus ir Karaliaučiaus bei kitų miestų, o tai Kaunui teikė naudos (čia dažnai buvo sukraunamos prekės, samdomi laivai ir įgulos), nors maskvėnai ir rinko muitą.
Atsiimti buvo sunkiau
1658 m. rudenį nutrūkus paliauboms ir atsinaujinus karo veiksmams, Kaunas iš karto tapo lietuvių atakų objektu. Kaip rašo rusų šaltiniai, visi keliai iš miesto buvo užblokuoti. 1658 metų lapkričio 7 d. carui prisiekusi ir neprisiekusi šlėkta bei Kauno pavieto reguliarios kariuomenės daliniai apsupo miestą.
Jie turėjo lengvų patrankų ir granatų, kuriomis apšaudė miestą ir jo bokštus. Lapkričio, gruodžio mėnesiais ir 1659 m. sausį penkis kartus buvo nesėkmingai šturmuota, kastasi po miesto siena, vienas tunelis susprogdintas paraku, padegtos medinės miesto sienos ir bokštai.
Kaunui atsiimti kunigaikštis Boguslavas Radvila parengė 15 punktų planą.
Per tuos 5 šturmus, kaip rašo rusai, žuvo apie tūkstantis puolančiųjų, neskaitant sužeistųjų, o rusų žuvę tik 7. Nuo apsiausties jie išlaisvinti vasario 20 d., kai iš Vilniaus buvo atsiųsta virš 1 000 karių, o lietuviai nedrįso stoti į mūšį ir pasitraukė.
Dar kartą nesėkmingai Kauną bandyta paimti 1659 m. liepą. Anot rusų duomenų, Kauno pilis buvo tvirta, šturmu nepaimama, turėjo daug atsargų ir ją gynė 200 karių. Panašu, kad nuolatinė Kauno apgula prasidėjo jau 1660 m. liepą, bet skirtingai nuo sostinės čia daugiausia buvo ne reguliari kariuomenė, o pašauktiniai, kurie neturėjo jokios artilerijos. Upytės ir Kauno pavietų pašauktiniai nevykusiai vykdė valdovo įpareigojimą atlaisvinti Nemuno ir Neries kelius, todėl maskvėnai ir toliau vykdė išpuolius po apylinkes.
Kai pasidavė Vilniaus įgula (1661 m. gruodžio 3 d.), Kauno pilis liko vienintele vakariniuose LDK pakraščiuose tvirtove, kur dar laikėsi maskvėnai.
Kaunui atsiimti kunigaikštis Boguslavas Radvila parengė 15 punktų planą. Jame konstatuota, kad Kaunas yra nedidelėje įtvirtintoje teritorijoje, dviejų upių santakoje, todėl atakuoti galima tik iš priekio. Pilyje yra 240 gerų karių. Todėl reikia 2 000–2 600 pėstininkų ir 200 raitelių patruliams, nes net mažose pilyse maskvėnai atkakliai ginasi, o jų pasidavimo neverta tikėtis.
Maskvėnų įgula Kaune neaiškiomis aplinkybėmis (trūksta duomenų) pasidavė 1661 m. gruodžio 26 dieną.
