Jau po kelių okupacijos savaičių, 1940 m. liepos 6–7 d., tuometis Valstybės saugumo departamento direktorius Antanas Sniečkus įsakė pradėti „priešvalstybinių elementų“ areštus. Liepos 10–17 d., rašoma Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centro (LGGRTC) pranešime spaudai, buvo suimti 504 asmenys – buvę nepriklausomos Lietuvos Respublikos ministrai, karininkai, teisininkai, policijos nuovadų ir kalėjimų viršininkai, laikraščių redaktoriai, žurnalistai, partijų pirmininkai.
Suėmimus organizavo okupantų parankiniai komunistai Icikas Demba, Alfonsas Gailevičius, Judita Komodaitė, Fridis Krastinis, Anupras Macevičius, Eusiejus Rozauskas, Aleksandras Slavinas, Antanas Sniečkus, Danielius Todesas, Juozas Zdanavičius ir kt. Jų veiksmus kontroliavo ir slapta reguliavo Sovietų Sąjungos instruktoriai.
Suėmimai tęsėsi iki pat 1941 m. birželio 14-ąją prasidėjusių trėmimų. Nuo 1940 m. birželio 15 d. iki 1941 m. birželio 14 d. suimti 3434 žmonės, dar 3915 suimta 1941 m. birželio 14–19 d.
Dalis suimtųjų kalinti ir tardyti Lietuvos kalėjimuose, kita dalis išvežti į Maskvos Butyrkų, Lefortovo, Liubiankos ir kitus Sovietų Sąjungos kalėjimus.
1940 m. liepos mėnesį prasidėjo ir „antisovietinių elementų“, arba „liaudies priešų“, registravimas, atitinkamų sąrašų sudarymas. Okupacinio režimo priešu laikytas kiekvienas nepriklausomoje Lietuvoje politinį ar visuomeninį aktyvumą rodęs Lietuvos pilietis. Totalus sekimas turėjo apimti kiekvieną socialinę grupę, visų profesijų žmones. Taip siekta sukelti kuo didesnę įtampą, nepasitikėjimą vienų kitais, tikėtasi, kad suardžius senuosius bendruomeninius saitus bus lengviau sukurti „sovietinę liaudį“.
Pasirengimo 1941-ųjų birželio trėmimams baigiamasis etapas prasidėjo 1941 m. gegužės 16 d. Visasąjunginės komunistų partijos (bolševikų) Centro komitetui ir SSRS Liaudies komisarų tarybai priėmus slaptą nutarimą „Dėl socialiai svetimo elemento iškeldinimo iš Baltijos respublikų, Vakarų Ukrainos, Vakarų Baltarusijos ir Moldavijos“. Vyriausiuoju akcijos vykdytoju buvo paskirtas SSRS vidaus reikalų liaudies komisaras Lavrentijus Berija. Vykdant centro direktyvą, gegužės 23 d. Lietuvos sovietų socialistinės respublikos (LSSR) valstybės saugumo liaudies komisaro Piotro Gladkovo slaptu įsakymu Kaune buvo sudarytas respublikinis štabas trėmimo operacijai įgyvendinti.
Lietuvos komunistų partija (LKP), ypač jos vadovybė su Antanu Sniečkumi priešakyje, dalyvavo priimant sprendimus dėl Lietuvos gyventojų trėmimo, prisidėjo prie trėmimo akcijos organizavimo ir vykdymo. Iki trėmimų pradžios likus dešimčiai dienų, viskas turėjo būti parengta: numatyti tremiamų žmonių pervežimo maršrutai, apskaičiuota, kiek reikės vagonų, sudarytas tremtinių sulaipinimo planas. Kad žinia apie trėmimus nepasklistų po Lietuvą, paaiškinama pranešime, trėmimų vykdymo grupių nariai po instruktavimo neturėjo teisės palikti tarnybinių patalpų. Trėmimams vykdyti buvo mestos beveik visos LSSR vidaus reikalų ir valstybės saugumo pajėgos, prokuratūros darbuotojai, aktyvūs kolaborantai (vadinamasis sovietinis ir partinis aktyvas). Pasitelkti NKGB ir NKVD darbuotojai iš Sovietų Sąjungos, Ukrainos ir Gudijos.
1941 m. birželio 14-ąją, 3 val. ryto, prasidėjo pirmasis masinis Lietuvos gyventojų – lietuvių, lenkų, rusų, baltarusių, žydų – trėmimas. Tremtis palietė visus gyventojų sluoksnius, tačiau labiausiai nukentėjo Lietuvos politikos, kariuomenės, valstybės saugumo ir teisėsaugos struktūrų tarnautojai, politinių ir visuomeninių organizacijų vadovai ir nariai, sveikatos apsaugos, švietimo, kultūros ir kitų įstaigų darbuotojai, stambūs ūkininkai, dvarininkai – visa pažangioji visuomenės dalis.
Visi trėmimų akcijos dalyvių veiksmai turėjo būti reguliuojami pagal SSRS valstybės saugumo liaudies komisaro L. Berijos pavaduotojo Ivano Serovo instrukciją „Dėl antisovietinių elementų iškeldinimo iš Lietuvos, Latvijos ir Estijos“. Joje nurodoma trėmimų vykdymo, tremtinių saugojimo ir lydėjimo, suimamų vyrų atskyrimo nuo šeimų, žmonių sulaipinimo į gyvulinius vagonus tvarka.
Trėmimo vykdytojų grupei įsiveržus į tremiamųjų namus, pirmiausia pagal turimus sąrašus patikrindavo šeimos sudėtį, paskui pradėdavo kratą. Po kratos tremiamiesiems būdavo pareiškiama, kad vyriausybės nutarimu jie bus vežami „į kitas Sovietų Sąjungos sritis“. Mėginančius bėgti – šaudė. Tremiamai šeimai, nepaisant šeimos narių skaičiaus, buvo leidžiama pasiimti ne daugiau kaip 100 kg turto. Iš tiesų šis skaičius visiškai priklausė nuo trėmimo vykdytojų valios, o dauguma tremtinių kratų metu buvo atvirai apiplėšiami. Likęs jų turtas – tai, ko nepajėgdavo išvogti trėmimo vykdytojai, – konfiskuotas.
1941 m. birželio 14–19 d. į formuojamus ešelonus buvo sutalpinta ir iš Lietuvos išvežta apie 17 tūkst. žmonių
Iš viso 1941 m. birželio 14–19 d. į formuojamus ešelonus buvo sutalpinta ir iš Lietuvos išvežta apie 17 tūkst. žmonių. Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centro sudarytame Lietuvos gyventojų genocido aukų vardyne surinkti duomenys apie 16 246 operacijos metu represuotus Lietuvos piliečius. Tiksliai žinomas 12 331 tremtinio ir 3915 politinių kalinių (3758 vyrų ir 157 moterų) likimas. Tremtyje atsidūrė daugiau kaip 5000 vaikų iki 16 metų amžiaus. Geležinkelio stotyse nuo šeimų atskirti vyrai išvežti į Komijos ASSR, Archangelsko, Gorkio, Molotovo, Sverdlovsko, Vologdos sritis, Kazachijos SSR ir Krasnojarsko krašto lagerius. Dauguma jų iki pat 1941–1942 m. žiemos formaliai vis dar buvo tardomi, daugeliui nebuvo pritaikytas joks RSFSR baudžiamojo kodekso straipsnis.
Šeimos nariai ištremti į Komijos ASSR, Novosibirsko ir Tomsko sritis, Altajaus ir Krasnojarsko kraštą. 82 žmonės tremties vietų nepasiekė – mirė pakeliui gyvuliniuose vagonuose.
Daugiausia – 7462 tremtiniai – atsidūrė Altajaus krašte, 1549 – Komijos ASSR, daugiau nei 3500 – Tomsko ir Novosibirsko srityse, po kelis šimtus Krasnojarsko krašte ir Kazachijos SSR.
1942-ųjų birželį 2795 tremtiniai iš Altajaus krašto buvo išvežti tikrai žūčiai prie Laptevų jūros, Jakutijos ASSR, ir rugpjūčio mėnesį išlaipinti Lenos upės deltoje esančiose Muostacho, Tit Arų, Trofimovsko, Stolbų salose, Bykovo kyšulyje, Janos upės deltoje – Ambarčiane, Kazačėje, Kuogastache, Krestuose ir kitose negyvenamose salose. Šių tremtinių padėtis buvo ypač sunki – nebuvo nei būstų, nei maisto. Baisus arktinis šaltis, badas ir ligos pražudė ištisas šeimas.
Atsidūrę tremties vietose, tremtiniai buvo traktuojami kaip specialusis kontingentas, prižiūrimas ir kontroliuojamas tremtinių gyvenvietes administravusių komendantūrų. Iš tremtyje atsidūrusių žmonių buvo atimti pasai, vietoj jų išduodamos specialios pažymos – laikinieji liudijimai, skirti privalomajai tremtinių
registracijai. Be konkrečios gyvenvietės komendanto leidimo tremtinys negalėjo išvykti iš gyvenamosios teritorijos ar pasišalinti iš darbo vietos. Bet koks savavališkas veiksmas buvo traktuojamas kaip mėginimas pabėgti. Už tai grėsė baudžiamoji atsakomybė ir įkalinimas kalėjime arba lageryje.
Iš esmės tremtiniai neturėjo jokių teisių. Jų niekas negynė. Jie buvo paversti pigia, beteise darbo jėga. Bet koks bandymas ginti savo teises galėjo būti traktuojamas kaip esamos santvarkos šmeižimas, mėginimas kelti neramumus ir baigtis įkalinimu.
1941 m. birželio 14–19 d. iš Lietuvos išvežti tremtiniai ir politiniai kaliniai į sovietų okupuotą tėvynę sugrįžo po penkiolikos ar dvidešimties metų. Buvo ir tokių, kurie negrįžo.
1989-1991 m. buvę tremtiniai ir jų vaikai vyko į tremties vietas parvežti mirusių artimųjų palaikų, kad poilsio vieta jiems būtų ne amžino įšalo žemė, bet lengvos Tėvynės Lietuvos smiltys. Tais metais Komijos Respublikoje, Altajuje ir Jakutijoje pastatyti atminimo kryžiai ir paminklai tremtyje žuvusiems kankiniams atminti.
