Lietuvos vardas užsienio žiniasklaidoje šiemet dažniausiai minėtas būtent dėl CŽV kalėjimo istorijos. Ji prasidėjo, kai JAV televizija „ABC News“ rugpjūčio 20 dieną pranešė, kad toks kalėjimas iki 2005 metų pabaigos veikė Lietuvoje, jame esą laikyti aštuoni aukšto rango „Al Qaedos“ teroristai. Prezidentė Dalia Grybauskaitė spalio 20–ąją pareiškė turinti „netiesioginių įtarimų“, kad toks kalėjimas galėjo būti
Seimo Nacionalinio saugumo ir gynybos komitetas (NSGK) lapkričio 5–ąją ėmėsi tyrimo, per kurį žodžiu ar raštu apklausė 55 asmenis, turėjusius ar galėjusius turėti informacijos apie slaptą kalėjimą. Nustatyta, kad su CŽV siejami orlaiviai 2002–2005 metais ne kartą kirto Lietuvos oro erdvę ir leidosi Vilniaus ir Palangos oro uostuose. Nepavyko nustatyti, ar per Lietuvos teritoriją buvo vežami, ar atvežti (išvežti) CŽV sulaikyti asmenys, tačiau sąlygos tam buvo.
Paaiškėjo, kad prie šios istorijos labiausiai prisidėjo Valstybės saugumo departamento (VSD) pareigūnai. Tuometis VSD generalinio direktoriaus pavaduotojas Dainius Dabašinskas su departamento vadovo Arvydo Pociaus žinia sudarydavo galimybes JAV pareigūnams nekliudomiems patekti prie orlaivių, buvo sąmoningai ribojamas pasieniečių ir muitininkų darbas. Nustatyta, kad VSD buvo gavęs JAV partnerių prašymą įrengti Lietuvoje patalpas, tinkamas laikyti sulaikytuosius. Vykdant vadinamąjį projektą Nr. 1, Lietuvoje buvo sudarytos sąlygos laikyti įtariamą asmenį, tačiau patalpos tam nebuvo panaudotos. Pareigūnai neigė prielaidas ir galimybes, kad projekto Nr. 2 patalpose buvo laikomi ar tardomi asmenys, tačiau pastato patalpų išdėstymas, uždarumas ir perimetro apsauga, VSD darbuotojų fragmentiškas buvimas patalpose leido atlikti VSD nekontroliuojamus partnerių pareigūnų veiksmus ir naudoti infrastruktūrą savo nuožiūra. Vykdydama VSD ir CŽV bendradarbiavimo projektus Nr. 1 ir Nr. 2 tuometė VSD vadovybė nė vieno Lietuvos aukščiausio pareigūno neinformavo apie šių projektų tikslus ir turinį.
Seimo NSGK pasiūlė Generalinei prokuratūrai ištirti, ar Mečio Laurinkaus, A.Pociaus ir D.Dabašinsko veiksmuose nebuvo piktnaudžiavimo tarnybine padėtimi ar įgaliojimų viršijimo požymių.
Esama nuomonės, kad šis tyrimas yra ankstesniojo, susijusio su VSD karininko Vytauto Pociūno žūtimi Baltarusijoje, tąsa. Tai leido bent šiek tiek praskleisti „valstybės valstybėje“ vadinto VSD galbūt neteisėtos veiklos užkulisius.