Valstybės kontrolė pranešė, kad atlikusi fondo disponavimo lėšomis 2016-aisiais auditą nenustatė jokių pažeidimų.
Ankstesnių auditų metu auditoriai buvo konstatavę, kad fondas 2012–2015 metais dalį lėšų panaudojo Geros valios kompensacijos už žydų religinių bendruomenių nekilnojamąjį turtą įstatyme nenustatytiems tikslams – administravimo išlaidoms apmokėti. Seimas 2016 metais pakeitė įstatymą ir leido kompensacijos lėšas naudoti ir fondo administravimo išlaidoms.
Fondas, atsižvelgdamas į valstybės auditorių pastebėjimus, ketina kompensuoti anksčiau įstatyme nenustatytiems tikslams panaudotas lėšas – projektams finansuoti skirs pajamas, kurias gaus iš lėšų investavimo.
Pagal 2011 metais priimtą Lietuvos geros valios kompensacijos už žydų religinių bendruomenių nekilnojamąjį turtą įstatymą, per dešimtmetį Lietuva įsipareigojo išmokėti per 37 mln. eurų (128 mln. litų tuometine valiuta) kompensaciją už totalitarinių režimų nusavintą turtą.
Į fondą pervesti pirmieji 869 tūkst. eurų buvo skirti kompensacijoms užsienyje gyvenantiems žydams, pinigai pasiekė 1,5 tūkst, žmonių, taip pat iš Geros valios fondo kas mėnesį išmokos mokamos ir Antrojo pasaulinio karo metais žydus gelbėjusiems Lietuvos gyventojams.
Nuo įstatymo įsigaliojimo į Geros valios fondą jau sumokėta 15,3 mln. eurų arba per 40 proc. numatytos kompensacijos.
Per nacistinės Vokietijos okupaciją 1941-1944 metais išžudyta apie 90 proc. iš maždaug 208 tūkst. Lietuvos žydų.