B.Lubio asmeninis gyvenimas klostėsi sudėtingiau negu verslo reikalai. Našlė likusi 19 metų už vyrą jaunesnė Lydija – antroji „Achemos“ vadovo žmona. Pirmoji B.Lubio žmona Irena buvo medikė, pora susilaukė dukters Jūratės.
Tačiau gyventi kartu sutuoktiniams nebuvo lengva. Nuolatos į darbus panirusio B.Lubio žmona įsimylėjo jaunesnį vyrą, pora išsiskyrė.
Tačiau jųdviejų duktė liko gyventi su tėvu. Užaugusi Jūratė pasuko motinos keliu – tapo vaikų gydytoja, ištekėjo už teisininko Romo Žadeikos.
B.Lubys ilgai nesiryžo antrai santuokai. Jis draugams sakydavo tebemylintis pirmąją žmoną.
Vyras turėjo draugę, su kuria daugiau nei dešimtmetį pasirodydavo ir viešumoje, tačiau jos nevedė.
Su būsimąja antrąja žmona Lydija B.Lubys susipažino 1989 metais. Naują mylimąją B.Lubys vedė tik tapęs Lietuvos premjeru.
Antroji žmona B.Lubiui taip pat pagimdė dukterį. Viktorijai dabar trylika metų.
