Šį tyrimą atlikti ir pateikti išvadas pavesta ministro įsakymu sudarytai tarnybinio nusižengimo tyrimo komisijai.
Valstybės kontrolieriaus pavaduotoja Daiva Bakutienė, išnagrinėjusi valstybinio finansinio (teisėtumo) audito, atlikto VMI, 2013 m. liepos 15 d. ataskaitą „Dėl Valstybinės mokesčių inspekcijos mokesčių fonde atlikto finansinio audito rezultatų“, nustatė, kad VMI, tvarkydama mokesčių fondo buhalterinę apskaitą ir kurdama Mokesčių apskaitos informacinę sistemą bei paskirstydama į biudžeto pajamų surenkamąsias sąskaitas gautas mokesčio įplaukas, pažeidė net kelių įstatymų, Vyriausybės nutarimų bei kitų norminių teisės aktų nuostatas.
Valstybės kontrolė įpareigojo finansų ministrą įstatymų nustatyta tvarka pažeidimus padariusius asmenis patraukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.
Valstybės kontrolė taip pat atkreipia dėmesį, kad jau antri metai iš eilės po audito atsisakyta pareikšti nuomonę dėl VMI mokesčių fondo ataskaitų teisingumo, nes fondo apskaita tvarkoma, pažeidžiant Buhalterinės apskaitos ir Viešojo sektoriaus atskaitomybės įstatymus bei Viešojo sektoriaus apskaitos ir finansinės atskaitomybės standartus.
