Kaip rašoma Generalinės prokuratūros pranešime spaudai, ikiteisminis tyrimas buvo pradėtas 2010 metų rugsėjo mėnesį, gavus Valstybės kontrolės pranešimą ir valstybinio audito ataskaitą, kurioje buvo teigiama, jog auditorių požiūriu Valdovų rūmų atkūrimo išlaidos esą nepagrįstai padidėjo daugiau nei tris kartus.
Taip pat buvo nurodyta, kad neva netinkamai vyko įvairių darbų ir paslaugų įkainių skaičiavimas ir apmokėjimas, suabejota daugelio išlaidų, darbų ir terminų pagrįstumu, rūmų atkūrimo darbų eigos skaidrumu bendrai, archeologinių ir kitų tyrinėjimų būtinumu ir efektyvumu, nurodyti kiti ikiteisminio tyrimo metu tirtini aspektai.
Generalinė prokuratūra teigia, kad jos sprendimai nutraukti tyrimą ir vėliau jo neatnaujinti neprieštarauja Valstybės kontrolės išvadoms, kadangi Valstybės kontrolės auditoriai vertinimus daro revizuodami iš esmės tik finansinių dokumentų duomenis ir išsamiau netikrina jų atitikimo daugelio teisės aktų reikalavimams, nevertina abejotinų duomenų pasitelkdami specifinių sričių specialistus.
Keletą metų trukusio ikiteisminio tyrimo metu Generalinės prokuratūros prokurorai, Lietuvos kriminalinės policijos biuro tyrėjai, Lietuvos teismo ekspertizės centro ekspertai teigia kruoščiai tikrinę visus – tiek Valstybės kontrolės, tiek jiems patiems kilusius – įtarimus ir abejones, galimas nusikalstamos veikos schemas tokio pobūdžio ir masto objekte.
Tyrimo eigoje buvo apklausta apie 60 liudytojų, gautos 8 reikšmingos, didelės aprėpties specialistų ir ekspertų išvados. Buvo surinkti, palyginti, patikrinti ir įvertinti įvairūs projektavimo bei darbų organizavimo bei priežiūros vykdymo, viešųjų pirkimų, finansinių atsiskaitymų dokumentai, revizuoti jų pagrindu priimti sprendimai, išanalizuotos sutartys su visais jų pakeitimais ir priedais, susipažinta su archeologinių, istorinių – menotyrinių tyrinėjimų bei kita dokumentacija, objektai apžiūrėti vietoje.
Liudytojų parodymai bei byloje surinkti dokumentai buvo vertinti atsižvelgiant į būtent tuo metu galiojusių įstatymų, vyriausybės nutarimų bei poįstatyminių teisės aktų nuostatas bei reikalavimus, įskaitant ir daugybinius tų teisės aktų pakeitimus, nustatytos auditoriams įtarimus sukėlusių sprendimų ir išlaidų priežastys bei pagrįstumas.
Iš viso ikiteisminio tyrimo medžiaga sudaro net 70 tomų.
