Konkurencijos taryba, atsižvelgusi į Lietuvos vyriausiojo administracinio teismo nutartyje išdėstytus aspektus, kuriais buvo nurodyta atlikti papildomą tyrimą, iš naujo įvertino ir pagrindė 2005 m. priimto nutarimo išvadas. Papildomo tyrimo metu buvo patikslintas atitinkamas rinkos apibrėžimas geografinę rinką susiaurinant iki Lietuvos Respublikos teritorijos ir pateikiant išsamius tai pagrindžiančius argumentus, taip pat papildomais argumentais sustiprinant prekės rinkos apibrėžimą. Įvertinusi tyrimo metu surinktus įrodymus, Konkurencijos taryba padarė išvadą, jog AB „Mažeikių nafta” vykdė konkurenciją ribojančius veiksmus, t.y. piktnaudžiavo dominuojančia padėtimi benzino pardavimų iš gamyklos rinkoje ir, atitinkamai, dyzelino pardavimų iš gamyklos rinkoje Lietuvos Respublikos teritorijoje. Šie konkurenciją ribojantys veiksmai pasireiškė tuo, kad 2002–2004 metais bendrovė taikė ekonomiškai nepagrįstą, diskriminacinę kainodarą, metinius lojalumo, nekonkuravimo įsipareigojimus, ribojo paralelinio importo galimybes bei perpardavimo galimybes, ir tuo pažeidė Konkurencijos įstatymo 9 straipsnį, 9 straipsnio 3 punktą bei Sutarties dėl ES veikimo 102 straipsnį. Nustatytais AB „Mažeikių nafta” konkurenciją ribojančiais veiksmais buvo ribojamos kitų ūkio subjektų galimybės veikti rinkoje, padaryta žala jiems bei vartotojams. Todėl, nustatydama skirtinos piniginės baudos dydį už padarytus pažeidimus, Konkurencijos taryba atsižvelgė į tai, jog AB „Mažeikių nafta“ pagal pavojingumą padarė labai sunkų pažeidimą, o bendrovės padaryto pažeidimo – piktnaudžiavimo dominuojančia padėtimi – mastas apima visą Lietuvos Respublikos teritoriją ir daro įtaką prekybai tarp valstybių narių.
Tyrimas buvo susijęs su AB „Mažeikių nafta“ taikytos kainodaros atitiktimi konkurencijos teisės reikalavimams. Buvo nustatyta, ir tai išdėstyta priimtame nutarime, kad AB „Mažeikių nafta” taikyta kainodara buvo orientuota riboti konkurentų įėjimą į Lietuvos rinką, t.y. išvengti importo konkurencijos: dyzelino – iš Rytų, benzino – iš Vakarų. Degalus įsigyjančioms bendrovėms suteikiamos nuolaidos buvo ekonomiškai nepagrįstos, o tokios nuolaidų sistemos taikymas reiškė nevienodų sąlygų taikymą panašaus pobūdžio sutartyse. AB „Mažeikių nafta“ taikoma ekonomiškai nepagrįsta nuolaidų sistema diskriminavo vienus ūkio subjektus (UAB „Rekolas”, UAB „Skulas“, UAB „Saurida“, UAB „Hydro Texaco“, KB „Tiltoilas”) kitų ūkio subjektų (UAB „Lukoil Baltija“, UAB „Lukoil Baltija“ servisas, UAB „Lietuva Statoil“ ir UAB „Neste Lietuva”), veikiančių tose pačiose rinkose, atžvilgiu.
Be to, įvertinusi AB „Mažeikių nafta“ rinkos galią Lietuvos teritorijoje, artimą monopolinei, bei AB „Mažeikių nafta“ veiksmus nustatant kainas benzino ir dyzelino pirkėjams, Konkurencijos taryba nutarė, kad AB „Mažeikių nafta“, taikydama lojalumo įpareigojimus, siekė „pririšti” pirkėjus, neleisti jiems laisvai elgtis rinkoje, atsižvelgiant į naftos produktų kainų pokyčius ar kitus veiksnius, o kitus gamintojus pasirinkti tik tais atvejais, kai AB „Mažeikių nafta” negalėjo aprūpinti jų naftos produktais. Tuo praktiškai buvo „uždarytos” Lietuvos benzino ir dyzelino rinkos nuo kitų gamintojų ir taip itin apribota konkurencija.
Baudos, kurią Konkurencijos taryba skyrė AB „Orlen Lietuva“, dydžio pokytis susijęs su tuo, kad atnaujinto tyrimo metu geografinė rinka buvo apibrėžta siauriau, t.y. kaip nacionalinė Lietuvos Respublikos teritorija, taip pat į tai, jog nebuvo vertinami kaip pažeidimai AB „Mažeikių nafta“ veiksmai dėl ūkio subjektų diskriminacijos teritoriniu pagrindu bei dėl arktinio dyzelino pardavimų ūkio subjektams. Atkreiptinas dėmesys, kad bendrovei skiriant baudą buvo įvertintos atsakomybę sunkinančios aplinkybės, susijusios su tuo, kad bendrovė už Konkurencijos įstatymo pažeidimus yra baudžiama jau trečią kartą.
