Į KT pernai lapkritį kreipėsi Lietuvos vyriausiasis administracinis teismas (LVAT), prašydamas įvertinti, ar įsakymas bei Vyriausybės nutarimas dėl J.Miliaus atleidimo neprieštarauja įstatymams ir Konstitucijai. LVAT sustabdė bylos nagrinėjimą, kol KT išnagrinės prašymą.
Tai jau antras kartas, kai dėl J.Miliaus atleidimo prašoma KT išaiškinimo. KT 2018-ųjų kovą paskelbė, kad Vyriausybės 2016 nutarimas dėl J.Miliaus atleidimo neprieštarauja Konstitucijai, tačiau nevertino, ar Vyriausybė pagrįstai nepritarė jo ataskaitai. Anot KT, tą ištirti turėtų J.Miliaus atleidimo bylą nagrinėjantis teismas.
Vilniaus apygardos administracinis teismas atnaujinęs bylos nagrinėjamą 2018 metų birželį atmetė J.Miliaus skundą ir paskelbė, kad jo atleidimas buvo teisėtas. Pastarasis sprendimą apskundė LVAT teigdamas, kad teismas netyrė ir nesuformavo savo pozicijos dėl Vyriausybės sprendimo nepritarti veiklos ataskaitai pagrįstumo.
J.Milius bylinėjasi su Vyriausybe ir Veterinarijos tarnyba dėl, jo manymu, neteisėto atleidimo. Buvęs įstaigos vadovas prašė panaikinti nutarimą, kuriuo jis atleistas iš pareigų, grąžinti jį į darbą ir sumokėti vidutinį atlyginimą už laiką, kurį jis bus atleistas.
Teisėsauga J.Miliui buvo pateikusi įtarimus piktnaudžiavimu tarnyba ir dokumentų klastojimu. Specialiųjų tyrimų tarnyba tyrė įtarimus, kad šaldytus maisto produktus gaminanti Kauno bendrovė „Judex“ per parlamentarą „tvarkietį“ Petrą Gražulį siekė paveikti tarnybą, jog ši neskirtų nuobaudų už pažeidimus.
Generalinė prokuratūra pernai birželį nutraukė ikiteisminį tyrimą J.Miliaus atžvilgiu.
