Portugalija nuo 2004 metų glaudžiai bendradarbiauja su Lietuva siekiant užtikrinti regiono saugumą, keičiasi patirtimi Lietuvoje bei Portugalijoje vykstančiose tarptautinėse pratybose. Beveik kasmet nuo 2015 m. Portugalijos kariuomenė Lietuvoje dislokuoja rotacines pajėgas, kurios treniruojasi su Lietuvos kariuomenės padaliniais. Taip pat Portugalijos kariai ir Karinių jūrų pajėgų vienetai reguliariai dalyvauja tarptautiniuose kariniuose mokymuose Baltijos jūroje BALTOPS.
Šiuo metu Lietuvoje Portugalijos kariai vykdo 6-ąją NATO oro policijos misiją su F-16 naikintuvais, o nuo 2022 m. gegužės Lietuva yra paskyrusi karių į Portugalijos vadovaujamą ES mokomąją misiją Mozambike EUTM-MOZ.
