Aukštaitijos, Dzūkijos, Kuršių nerijos ir Žemaitijos nacionalinių parkų bei Trakų istorinio nacionalinio parko veiklą auditoriai vertino keliais aspektais. Svarbiausias jų – ar nacionaliniuose parkuose užtikrinamas biologinės įvairovės išsaugojimas.
„Atlikus auditą nustatyta, kad Lietuva iki šiol neatnaujino 1998 m. priimtos Biologinės įvairovės strategijos, todėl ji neatitinka šių dienų poreikio, nes dalis nustatytų grėsmių ir priemonių tapo neaktualios, o dalis naujų – neįvertintos, pavyzdžiui: nešienaujamos pievos, invazinių rūšių populiacijų didėjimas ir didelis lankytojų, transporto priemonių skaičius. Žinoma, strategijos atnaujinimas neišspręstų visų biologinės įvairovės išsaugojimo problemų, tačiau nustatytų pagrindines grėsmes ir išsaugojimo kryptis“, – komentuodama audito rezultatus sakė valstybės kontrolierė Giedrė Švedienė.
Biologinės įvairovės išsaugojimo priemonės nurodomos gamtotvarkos planuose, tačiau jie parengti ne visoms skirtingus apsaugos reikalavimus turinčioms teritorijoms. Neparengus planų, neįvertinama teritorijų būklė, nenumatomos konkrečios jų tvarkymo ir biologinės įvairovės išsaugojimo priemonės.
Nacionaliniuose parkuose veikia gyvosios gamtos monitoringo ir apskaitos sistema, Aplinkos apsaugos agentūra ir Gamtos tyrimų centras rengia visos šalies būklę apibendrinančias ataskaitas, tačiau nacionalinių parkų direkcijos pasigenda išsamių monitoringo ir apskaitos duomenų, apibendrintų išvadų ir rekomendacijų, kaip vykdyti biologinės įvairovės išsaugojimą.
Audito metu nustatyta, kad jungtinės tarybos, turinčios organizuoti ir koordinuoti nacionalinių parkų direkcijų ir kitų institucijų (savivaldybių, nevyriausybinių organizacijų, bendruomenių, seniūnijų ir miškų urėdijų) veiklą dalyvaujant nacionalinių parkų valdyme, įsteigtos tik dviejuose parkuose, o ir įsteigtosios veikia tik epizodiškai.
Nacionalinių parkų direkcijos neturi galimybių reguliuoti lankytojų srautus, joms sudėtinga įvertinti, kokį poveikį lankytojai daro kraštovaizdžiui ir biologinei įvairovei. Direkcijose mažėja darbuotojų skaičius, didėja vieno darbuotojo prižiūrimas plotas, darbuotojams priskiriamos papildomos funkcijos ir teritorijos, tačiau tam neskiriama papildomų išteklių. Vertinant, ar nacionalinių parkų finansavimas užtikrina jų tikslų įgyvendinimą, nustatyta, kad valstybės biudžeto lėšos nacionalinių parkų direkcijoms planuojamos ne pagal prižiūrimą teritoriją, o pagal Aplinkos ir Kultūros ministerijų skiriamus asignavimus, kurių užtenka tik pagrindinėms direkcijų funkcijoms vykdyti.
Direkcijos dalyvauja vykdant ES ir tarptautinių organizacijų finansuojamus projektus, ieško kitų papildomų finansavimo šaltinių, tačiau kol kas papildomos lėšos sudaro nedidelę dalį visų nacionalinių parkų direkcijų veiklai gaunamų lėšų.
Valstybės kontrolė Aplinkos ir Kultūros ministerijoms, Valstybinei saugomų teritorijų tarnybai ir nacionalinių parkų direkcijoms pateikė rekomendacijas.