1991–1992 metais jis buvo Krašto apsaugos ministerijos Inžinerinio skyriaus aviacijos inžinieriumi, oro erdvės apsaugos vyresniuoju specialistu.
1992 metų sausio 2 dieną buvo atkurta Krašto apsaugos tarnybos Aviacijos tarnyba, jos viršininku paskirtas pulkininkas leitenantas Z.Vegelevičius.
„Kaip tuometinis Krašto apsaugos departamento vadovas, turiu pasakyti jog mokiausi iš Z.Vegelevičiaus suvokti Lietuvos gynybos problematiką, nesumenkinant jos klausimų iki pigių bandymų paversti Lietuvos gynybą tik partizaninio karo ar pasipriešinimo gatvėse klausimu. Z.Vegelevičius nuo pirmų mūsų susitikimo akimirkų tikėjo Lietuvos valstybingumo atkūrimu, kuriam bus reikalinga šiuolaikinė oro erdvės kontrolės ir gynybos sistema.
Norėdamas parodyti Z.Vegelevičiaus, kaip karinio specialisto, atitikimą Lietuvos reikmėms, papasakosiu, kaip 1992 metais suformavau tuomet jau atskirai jo tarnybai uždavinį paruošti maksimalų Lietuvos oro erdvės kontrolės ir gynybos planą, nekreipiant dėmesio į limitus, pateikti mūsų reikmes tarsi mūsų nevaržytų finansinės, politinės ir kitokios galimybės. Kai darbas buvo atliktas, paprašiau jį įvertinti mūsų NATO konsultantus iš įvairių šalių. Mano didžiausiam pasitenkinimui, šis darbas buvo labai aukštai įvertintas ir priimtas be išlygų“, – feisbuke penktadienį rašė pirmasis krašto apsaugos ministras ir signataras Audrius Butkevičius.
1993–2000 metais jis buvo buvo Karinių oro pajėgų vadas ir Kauno įgulos viršininkas.
1995-siais su pagyrimu baigė Generalinio štabo akademiją Brno. 2000–2001 metais buvo Civilinės saugos departamento prie Krašto apsaugos ministerijos direktoriaus pavaduotoju, vėliau tapo Generolo Jono Žemaičio Lietuvos karo akademijos ekspertu, bendrovės Sportinė aviacija generaliniu direktoriumi.
„Vėliau jis atliko milžinišką darbą, kurdamas oro kontrolės erdvės sistemą, vienijančią civilinės ir karinės oro erdvės kontrolės galimybes. Jo atliktas darbas skaitmeninant ir automatizuojant oro erdvės kontrolės duomenis buvo aukštai įvertintas mūsų kolegų iš NATO. Jie teigė, kad Lietuva dėl šio darbo oro kontrolės srityje atsidūrė pirmaujančiųjų gretose,“ – prisiminimais dalijosi A.Butkevičius.
Velionis buvo apdovanotas Dariaus ir Girėno medaliu (1993), Lietuvos kariuomenės kūrėjų savanorių medaliu (1996), Vyčio Kryžiaus ordino Karininko kryžius (2000), Sausio tryliktosios atminimo medaliu (2004).
