A.Bubnys gimė 1937 m. lapkričio 16 d. Kaune. Baigęs Marijampolės I-ąją vidurinę mokyklą, studijavo Kauno medicinos institute. Keturis metus dirbo Pagėgių ligoninės chirurgu. Gabus specialistas 1970 m. buvo pakviestas dirbti į Vilniaus universitetą fakultetinės chirurgijos asistentu.
1994 m. apgynė medicinos daktaro disertaciją. Nuo 1990 m. iki 2005 m. vadovavo Vilniaus universiteto ligoninės Santariškių klinikų Abdominalinės chirurgijos klinikai.
A.Bubnys yra vienas minimaliai invazyvios endoskopinės ir laparoskopinės pilvo organų chirurgijos pradininkas, paskelbęs 178 mokslines publikacijas, 3 originaliųopaligės operacijų autorius. Profesorius sukūrė abdominalinės chirurgijos mokyklą, parengė gausų būrį mokinių.
Atsisveikinimas su velioniu vyks liepos 4 d. nuo 11 val. laidojimo namuose „Nutrūkusi styga“.Urna išnešama liepos 5 d. 11 val. Laidotuvės vyks Antakalnio kapinėse.
