Kasmet skiriamos ne daugiau kaip septynios Lietuvos mokslo premijos: po dvi premijas humanitarinių ir socialinių mokslų, fizinių mokslų, biomedicinos ir žemės ūkio mokslų srityse bei viena technologijos mokslų srityje.
Lietuvos mokslo premijai gali būti siūlomi ne anksčiau nei per pastaruosius 15 metų atlikti darbai, kuriuose išnagrinėta aktuali mokslo problema ir kurių tyrimų rezultatai įnešė svarų indėlį į mokslą, iš esmės paskatino tolesnę mokslo krypties raidą ar labai prisidėjo prie šalies konkurencingumo didinimo kuriant, diegiant naujausias technologijas.
Darbai turi būti paskelbti Lietuvos ar užsienio spaudoje ne vėliau kaip prieš metus iki dokumentų pateikimo premijų komisijai.
Viena premija siekia daugiau nei 30 tūkst. eurų, ją gali dalintis keli mokslininkai.