Specialiajame plane yra numatytas tolygus visos Žemaičių Kalvarijų statinių komplekso teritorijos vystymas, prioritetą teikiant jo architektūrinės, kraštovaizdinės ir istorinės vertės išryškinimui. Kryptingai reguliuojant gyvenvietės vystimąsi, bus galima išsaugoti ansamblio pirminę tūrinę ir erdvinę kompoziciją. Numatytais tvarkymo darbais konkrečiose teritorijose (ypač miestelio centre) bus ribojamas pastatų aukštingumas bei sklypų užstatymo tankio didinimas, o kai kur draudžiama statyba. Bus siekiama išsaugoti geriausiai išlikusius medinės architektūros pastatus bei mažosios medinės architektūros elementus, ryškiausiai atspindinčius regiono tradicijas bei ypatumus. Specialiajame plane papildomai įteisinta unikalių gamtinių elementų (savito reljefo, vandens telkinių, vertingų želdinių) apsauga.
Bus siekiama išsaugoti geriausiai išlikusius medinės architektūros pastatus bei mažosios medinės architektūros elementus, ryškiausiai atspindinčius regiono tradicijas bei ypatumus.
Didžiajai teritorijos daliai nustatytas tausojamos paskirties saugojimo režimas, o teritorijai, užstatytai sakraliniais objektais, – autentiškos paskirties saugojimo režimas. Vertybės teritorijos suskirstymas pagal tvarkymo režimus, užtikrins jų deramą priežiūrą, sudarys sąlygas pritraukti investicijas leistinoms veikloms, subalansuos tų zonų vystymą.
Žemaičių Kalvarijų statinių ansamblio apsaugos specialiojo plano organizatorius – Kultūros paveldo departamentas prie LR Kultūros ministerijos, rengėjas – VĮ „Lietuvos paminklai“ (projekto vadovė Irena Staniūnienė). Specialusis planas patvirtintas š.m. sausio 19 d. Kultūros ministro įsakymu.
Specialusis planas buvo rengiamas nuo 2006 m. iki 2010 m., tam skiriant apie 250 000 Lt. Kultūros paveldo departamento lėšų.
Žemaičių Kalvarijų statinių ansamblis pradėtas formuoti dviejų upių (Varduvos ir Kedrono) santakoje ant pailgos formos kalvų. Iki mūsų dienų Žemaičių Kalvarijoje yra išlikęs dominikonų vienuolynas su baroko stiliaus bažnyčia ir 19 kryžiaus kelio stočių, išdėstytų kalvotoje teritorijoje. 19 koplyčių pastatymo vietos parinktos taip, kad kuo tiksliau atitiktų Kristaus Kančios kelią Jeruzalėje. Visas Žemaičių Kalvarijos Kristaus Kančios kelias tęsiasi daugiau negu 4 km. Žemaičių Kalvarija laikytina pačiu pirmuoju Kalvarijų, kaip naujosios Jeruzalės, ansambliu ne tik Žemaitijoje, bet ir Lietuvoje.
Į Kultūros vertybių registrą įtraukti šie ansamblio statiniai: barokinė Švč. M. Marijos Apsilankymo Mažoji Bazilika (šį titulą bažnyčiai 1988 m. suteikė popiežius Jonas Paulius II), šventoriaus tvora su vartais, dominikonų vienuolyno namas, koplytstulpis su skulptūromis ir 19 Kryžiaus kelio stočių. 2005 m. Kultūros ministro įsakymu statinių ansamblis paskelbtas saugomu viešajam pažinimui ir naudojimui bei viešajai pagarbai. Ansamblis turi architektūrinę, kraštovaizdinę, istorinę vertę, jam nustatytas paminklo statusas.
Žemaičių Kalvarijų statinių komplekso teritorijos ribos beveik sutampa su urbanistikos paminklo, Varduvos teritorijos ribomis. Specialiuoju planu patikslintas Kultūros vertybės teritorijos plotas sudaro apie 68 ha. Kadangi Žemaičių Kalvarijos miestelis yra Žemaitijos nacionalinio parko teritorijoje kaip Žemaičių Kalvarijos urbanistinis draustinis, apsaugos zona komplekso teritorijai nenustatyta.
Žemaičių Kalvarijų statinių komplekso teritorijoje taip pat yra gausus į Kultūros vertybių registrą įrašytas archeologinis paveldas – Žemaičių Kalvarijos vienuolyno vieta; Varduvos piliakalnis, vadinamas Šv. Jono kalnu; Varduvos kapinynas, vadinamas Žvizdro kalnu; Kapinynas II bei Žemaičių Kalvarijos senovės gyvenvietės teritorija.
