Nutraukdamas ikiteisminį tyrimą prokuroras nurodė, kad objektyvių duomenų, kurie patvirtintų, kad už E.Sveikata projekto kūrimą ir įgyvendinimą atsakingi Sveikatos apsaugos ministerijos tarnautojai ir kiti asmenys veikė tyčia siekdami netinkamai ir ne laiku įgyvendinti veiksmų plane nurodytus uždavinius, ikiteisminio tyrimo metu nebuvo gauta. Taip pat nebuvo gauta objektyvių duomenų, jog projektą įgyvendinę tarnautojai tyčia veikė priešingai tarnybos interesams, jos veiklos principams, tokiu veikimu (neveikimu) siekdami sukelti didelę žalą valstybei.
Prokuroras konstatavo, kad tyrimo metu surinktų duomenų visuma nesudaro pagrindo teigti, kad projektą įgyvendinusių asmenų veiksmuose egzistuoja Baudžiamojo kodekso 228 straipsnyje (Piktnaudžiavimas) įtvirtintos nusikalstamos veikos objektyvieji požymiai, galimai pasireiškę neteisėtu veikimu įgyvendinant Nacionalinės elektroninės sveikatos sistemos projektą, todėl ikiteisminis tyrimas nutrauktinas.
Specialiųjų tyrimų tarnybą ikiteisminį tyrimą dėl galimo piktnaudžiavimo pradėjo 2018 m. pradžioje, gavus Lietuvos Respublikos Seimo Antikorupcijos komisijos atlikto parlamentinio tyrimo dėl Nacionalinės elektroninės sveikatos sistemos kūrimo išvadą. Tyrimą kontroliavo ir jam vadovavo Vilniaus apygardos prokuratūros Organizuotų nusikaltimų ir korupcijos tyrimo skyriaus prokuroras.
