Kad Trakuose kadaise gyveno ir žydų bendruomenė, šiandien primena tik ant kalvos prie Lukos (Bernardinų) ežero nykstančios senosios kapinės ir masinė Holokausto aukų kapavietė Varnikų miške netoli Skaisčio ežero, kur, kaip savo ataskaitoje nurodė žydų žudynėms Lietuvoje vadovavęs SS pulkininkas, 3-ojo operatyvinio būrio vadas Karlas Jėgeris, 1941 m. rugsėjo 30 d. buvo sušaudyti 1446 žydai: 366 vyrai, 483 moterys ir 597 vaikai.
Daugiau jokių ženklų, kurie liudytų apie žydų gyvenimą Trakuose, mieste nėra – tarsi visi tie į kapus atgulę žmonės būtų neverti jokio atminimo, o gal niekada čia ir negyvenę. Tokia užmarštis kelia nuostabą, nes iki Holokausto žudynių ši bendruomenė buvo svarbi Trakų gyvenimo dalis, ir verčia klausti, kodėl mūsų istorinė atmintis šiuo atveju yra tokia trumpa, vos siekianti vieno žmogaus gyvenimo trukmę.
Po 1863 m. įvairiais laikotarpiais iki XX a. vidurio žydai sudarė net iki trečdalio miesto gyventojų, turėjo ir sinagogą, kuri nugriauta tik 1966 m., o stovėjo pačiame miesto centre – maždaug ten, kur dabar yra Trakų rajono savivaldybė ir prie jos esantys garažai. Ši vieta niekaip nėra pažymėta ir neegzistuoja nei į darbus pro šią vietą einančių savivaldybės darbuotojų, nei daugumos kitų miestiečių sąmonėje.
Nors šiuo metu Kultūros vertybių registre nurodyta tik spėjama sinagogos vieta, ją galima visiškai tiksliai nustatyti iš TINP direkcijos skelbiamos 1947 m. aeronuotraukos, gretinant ją su architekto Stanislovo Mikulionio (1935–1992) prieš pat nugriovimą padarytomis nuotraukomis. Todėl TINP direkcija prašo, kad Kultūros paveldo departamentas prie Kultūros ministerijos inicijuotų duomenų patikslinimą Kultūros vertybių registre.
Taip pat prašoma apsvarstyti galimybę atkurti sinagogos pastatą ir įsteigti jame Trakuose gyvenusių etninių bei religinių bendruomenių pažinimo centrą. Dabar ten esančią Trakų rajono savivaldybę TINP direkcija siūlo iškelti iš pusiasalio į jai paskirtą teritoriją už Trakų istorinio nacionalinio parko ribų, kaip yra numatyta galiojančiame Trakų miesto bendrajame plane.
Baltų dėmių yra ir su Trakais susijusioje Holokausto istorijoje: nors įvairiuose šaltiniuose yra liudijimų apie Užutrakio dvaro sodyboje nacių okupacijos metais veikusią prievartinio darbo stovyklą, šis faktas nežinomas nei Trakų gyventojams, nei platesnei visuomenei. TINP direkcija skelbia Holokausto aukų liudijimus, iš kurių matyti, kad ši stovykla pradėjo veikti nacių okupacijos pradžioje, 1941-ųjų rugpjūtį, kai dar nebuvo įsteigtas Vilniaus getas, kad Užutrakyje gyvenę kaliniai, tarp kurių buvo ir žinomų žydų bendruomenės narių, dirbo žemės ūkio darbus ir kasė durpes, kad 1943-iais iš Vilniaus geto jiems buvo suorganizuota mobilioji biblioteka, o Trakų vikaras Stanisław'as Tyszka juos lankė ir drąsino, rizikuodamas užsitraukti valdžios nemalonę.
Remdamasi šiais liudijimais, TINP direkcija prašo, kad Kultūros paveldo departamentas prie Kultūros ministerijos papildytų Užutrakio dvaro sodybos duomenis Kultūros vertybių registre.
