Dar viena sporto problema – nevienodai plėtojama infrastruktūra. Pavyzdžiui, Alytaus rajono savivaldybėje 1 000 gyventojų tenka 3,27 sporto statinių, o Trakų savivaldybėje – tik 0,43. Pagal veikiančių baseinų skaičių Lietuva nuo Europos Sąjungos vidurkio atsilieka daugiau kaip 20 kartų.
Konstatuota, kad sporto bazių mažėja, o jų būklė blogėja. Organizuojant kūno kultūros ir sporto objektų statybos ir pastatų atnaujinimo darbus dalyvauja daug skirtingų asignavimų valdytojų, lėšos skaidomos institucijų vykdomose programose, kurių tikslai dažnai dubliuojasi. Pavyzdžiui, universalių dirbtinės dangos aikštelių prie bendrojo lavinimo mokyklų įrengimą organizavo ir KKSD, ir savivaldybės, ir Švietimo ir mokslo ministerija. 2008 m. 78 proc. valstybės investicijų buvo skirta daugiafunkcinių sporto kompleksų ir universalių arenų statybai, o švietimo įstaigų sporto įrenginiams skirta tik 12 proc. investicinių lėšų, nors daugelyje mokyklų vis dar neįrengti sporto aikštynai, nėra sporto salių, todėl daugiau kaip pusė šalies mokyklų nesilaiko įstatymo ir higienos normų reikalavimų turėti ne mažiau kaip tris kūno kultūros pamokas per savaitę.
Valstybinio audito ataskaitoje pabrėžiama, kad KKSD turi tobulinti pavaldžių įstaigų veiklos kontrolę. Pavyzdžiui, Lietuvos olimpiniame sporto centre tiesiogiai su pagrindinio tikslo – rengti olimpinės pamainos ir olimpinių rinktinių sportininkus – įgyvendinimu susiję tik pusė iš 218 patvirtintų darbuotojų etatų. Centro direktoriui yra pavaldūs trys padaliniai, kuriems vadovauja trys direktoriaus pavaduotojai. Šie padaliniai skaidomi į skyrius, kuriems vadovauja vedėjai, dažniausiai turintys pavaduotoją, o kai kurie skyriai – kelis. Be to, sporto bazės nepakankamai aprūpintos šiuolaikine įranga ir inventoriumi, todėl sportininkams rengti užsienyje 2009 m. sausio–rugsėjo mėn. skirta 3,4 mln. Lt, o Lietuvoje už bazių nuomą sumokėta tik 57,7 tūkst. Lt. KKSD įsteigta viešoji įstaiga Lietuvos sporto informacijos centras nuo 2006 m. rengia sporto enciklopediją, kuriai išleista jau daugiau kaip 1 mln. Lt, tačiau iki šiol parengta tik internetinė jos versija. Be to, nustatyta, kad kai kurios viešosios įstaigos, pažeisdamos teisės aktus, joms perduotą panaudai valstybės turtą pernuomoja kitiems ūkio subjektams.
Valstybės kontrolė Vyriausybei rekomendavo numatyti sporto politiką įgyvendinančių įstaigų ir institucijų veiklos koordinavimo sistemą, kuri užtikrintų kryptingą ir tolygią kūno kultūros ir sporto plėtrą šalyje, tinkamą vaikų ir jaunimo įtraukimą į kūno kultūros ir sporto veiklą. Kūno kultūros ir sporto departamentui pasiūlyta patikslinti Kūno kultūros ir sporto rėmimo fondo administravimo taisykles ir nustatyti objektyvius projektų vertinimo kriterijus.
