V.P.Andriukaitis jau ne kartą viešai ir raštu Vilniaus miesto savivaldybei yra išsakęs nerimą dėl VšĮ Vilniaus miesto klinikinės ligoninės (VMKL) perspektyvų. Ministro teigimu, VMKL, kurios sudėtyje veikia 2 ligoninės ir 3 Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto klinikos bei centrai – ne tik viena didžiausių Vilniaus miesto ligoninių, teikiančių platų spektrą antrinio ir tretinio lygio stacionarinių asmens sveikatos priežiūros paslaugų. Čia vykdomas ir mokslinis bei pedagoginis darbas, VMKL taip pat turi konsultacinę polikliniką, kurioje teikiamos ambulatorinės antrinės ir tretinės specializuotos asmens sveikatos priežiūros paslaugos.
„Todėl nedovanotinas Vilniaus miesto savivaldybės požiūris į vilniečius, negalinčius gauti laiku ir kokybiškų paslaugų dėl to, kad savivaldybės vadovai į patraukliose vietose esančias ligonines žiūri tik kaip į nekilnojamojo turto objektus, – sakė V. P. Andriukaitis. – Mes jau ne kartą kreipėmės į Vilniaus miesto savivaldybę siekdami, kad VMKL steigėjo teisės, pareigos ir turtas būtų perduoti SAM, nes tik taip būtų išlaikyta ir toliau kuriama moderni, šiandienos reikalavimus atitinkanti ir šiuolaikinėmis technologijomis pagrįsta sveikatos priežiūros įstaiga, patraukli ir patogi gydytis ir dirbti.“
VšĮ Vilniaus miesto klinikinės ligoninės Jungtinė profesinių sąjungų atstovybė Lietuvos Respublikos Prezidentei, Ministrui Pirmininkui, Seimo Sveikatos reikalų komiteto pirmininkei ir Sveikatos apsaugos ministrui įteikė kreipimąsi „Dėl sveikatos priežiūros paslaugas teikiančių įstaigų reorganizacijų skaidrumo”. Jame teigiama, kad „VšĮ Vilniaus miesto klinikinė ligoninė ir visi jos darbuotojai piktinasi Steigėjo – Vilniaus miesto savivaldybės – iniciatyva vykdytomis pertvarkomis, turėjusiomis ne tik kolektyvą destabilizuojančių, bet ir finansinių pasekmių“. Norėdami ir toliau teikti gyventojams kokybiškas asmens sveikatos priežiūros paslaugas respublikos lygmens ligoninėje, nenorėdami ir toliau būti sunkioje finansinėje situacijoje esančios Vilniaus miesto savivaldybės nekilnojamo turto sandorių įkaitais, darbuotojai siekia LR Sveikatos apsaugos ministerijos pavaldumo, matydami tai kaip galimybę ligonines tikslams pasiekti.