Siekiant užtikrinti kokybišką ugdymo proceso organizavimą ir racionalų savivaldybės ir valstybės lėšų naudojimą, Žaliakalnio pradinę ir Žaliakalnio pagrindinę mokyklas planuojama sujungti. Šiuo metu Švietimo ir ugdymo skyrius paprašė, kad Švietimo ir kultūros įstaigų veiklos analizės skyrius atliktų tyrimą, tuomet paaiškės finansinis veiksmingumas ir švietimo vartotojų nuomonė apie pokyčių įtaką ugdytiniams ir ugdytojams.
Žaliakalnio pagrindinė mokykla yra įtraukta į sąrašą gauti Europos struktūrinių fondų paramą mokyklai renovuoti. Skyrus lėšų tikimasi sukurti patrauklesnes mokyklos erdves.
Šiuo metu Žaliakalnio pradinėje mokykloje dviem pamainomis mokosi 246 mokiniai. Norint, kad vaikai mokytųsi vienoje pamainoje, mokinių skaičių turėtų sumažėti iki 192. Žaliakalnio pagrindinėje mokykloje šiais mokslo metais mokosi 365 mokiniai. Pagal higienos normas ji gali talpinti 444 mokinius. Paruošus mokymo erdves, sujungus mokyklas (išlaikius abu pastatus) būtų sukurtos geresnės sąlygos Žaliakalnio mikrorajono moksleiviams.
Mokiniai, Žaliakalnio pagrindinėje mokykloje baigę 8 klases, turės pirmumo teisę rinktis mokymąsi J.Jablonskio gimnazijoje, nes yra pasirašyta bendradarbiavimo sutartis tarp Žaliakalnio pagrindinės ir J.Jablonskio gimnazijos. Ateityje Kauno J.Jablonskio gimnazijoje nebus komplektuojamos 5-8 klasės, tačiau Žaliakalnio pagrindinės mokyklos mokiniai, pareiškę norą, galės mokytis minėtoje gimnazijoje.
