Medininkų žudynių bylos nagrinėjimas Apeliaciniame teisme užtruko ilgiau nei ketverius metus – pirmasis posėdis įvyko 2012 metų sausį. Per šį laikotarpį teismas gynybos ir prokuratūros prašymu apklausė liudytojus, siuntė teisinės pagalbos prašymus į Latviją ir Rusiją dėl buvusių omonininkų apklausų, tačiau pastarieji prašymai nebuvo įvykdyti.
Latvijos pilietį K.Michailovą 2007 metų lapkričio 28 dieną sulaikė Latvijos teisėsauga, remdamasi Lietuvos išduotu Europos arešto orderiu. Lukiškių tardymo izoliatoriuje jis laikomas nuo 2008-ųjų sausio. Vėliau paaiškėjo, kad teisiamasis yra įgijęs ir Rusijos pilietybę.
Prokurorai savo apeliaciniu skundu prašo nuteistojo K.Michailovo veiką iš nužudymo kvalifikuojančiomis aplinkybėmis, numatyto Baudžiamojo kodekso 129 straipsnyje, perkvalifikuoti į Baudžiamojo kodekso 100-ąjį straipsnį, taip yra į nusikaltimą žmoniškumui – kaip nužudymą, įvykdytą remiant užsienio valstybės ir užsienio valstybės organizacijų politiką, sistemingai ir stambiu mastu užpuldinėjant, žudant, žalojant civilius gyventojus.
Nuosprendį apskundė ir nuteistasis, kuris prašo būti visiškai išteisintas.
Vilniaus apygardos teismas nuosprendžiu nustatė, kad K.Michailovas, dirbdamas Sovietų sąjungos Vidaus reikalų ministerijos vidaus kariuomenės ypatingosios paskirties milicijos būrio (OMON) milicininku, veikdamas šio būrio vado Česlavo Mlyniko suburtoje organizuotoje grupėje, kartu su to paties būrio milicininkais Andrejum Laktionovu ir Aleksandru Ryžovu, tyčia nužudė tarnybos pareigas vykdžiusius Lietuvos muitinės ir policijos pareigūnus Antaną Musteikį, Stanislavą Orlavičių, Ričardą Rabavičių, Algirdą Kazlauską, Juozą Janonį, Algimantą Juozaką ir Mindaugą Balavaką bei pasikėsino nužudyti Tomą Šerną.
