Akcinė bendrovė „flyLAL Lithuanian Airlines” kreipėsi Vilniaus apygardos administracinį teismą prašydama panaikinti 2009-01-16 Susisiekimo ministerijos Civilinės aviacijos administracijos direktoriaus pasirašytus įsakymus sustabdyti skrydžių bendrovei vežėjo pažymėjimo galiojimą ir licenciją vykdyti skrydžius. Bendrovės manymu, įsakymai neteisėti, nepagrįsti nei faktais, nei teisės normomis. Iki 2009-01-16 „flyLAL“ nėra gavusi jokių ministerijos nurodymų dėl skrydžių saugos trūkumų, kurių laiku nepašalinus būtų stabdomas bendrovės vežėjo pažymėjimas ir licencija oro susisiekimui vykdyti, teigiama pranešime spaudai.
Susisiekimo ministerija prašė teismo atmesti skundą kaip nepagrįstą ir paaiškino, kad pati bendrovė nesiėmė veiksmingų priemonių išsaugoti savo oro vežėjo pažymėjimo galiojimą. Ministerija teismui paaiškino, kad priimti sprendimą dėl Bendrovės licencijos oro susisiekimui vykdyti sustabdymo turėjo teisinį ir faktinį pagrindą. Bendrovės finansinė padėtis buvo kritiška ir kėlė grėsmę skrydžių saugai bei sudarė riziką keleiviams.
Vilniaus apygardos administracinio teismo teisėjų kolegija, išnagrinėjusi administracinę bylą, nusprendė panaikinti 2009-01-16 įsakymą Nr. 3–11 „Dėl licencijos oro susisiekimui vykdyti galiojimo sustabdymo“ ir įpareigoti Susisiekimo ministeriją bylą išnagrinėti iš naujo bei priimti naują sprendimą. Teismo manymu, ministerija skundžiamą sprendimą priėmė pažeisdama pagrindines procedūras, turėjusias užtikrinti objektyvų visų aplinkybių įvertinimą bei sprendimo pagrįstumą; sprendimas įstatymo nustatytu būdu nemotyvuotas, prieštarauja aukštesnės galios teisės aktams, todėl negali būt laikomas pagrįstu, teisėtu ir teisingu.
AB „flyLAL-Lithuanian Airlines“ skundą dėl Civilinės aviacijos administracijai dėl direktoriaus 2009-01-16 įsakymo Nr. 4R–14 „Dėl AB „flyLAL-Lithuanian Airlines“ vežėjo pažymėjimo sustabdymo“ panaikinimo teismas paliko nenagrinėtu, nes bendrovė nesilaikė šios kategorijos byloms nustatytos išankstinių ginčų nagrinėjimo ne per teismą tvarkos ir dar gali ta tvarka pasinaudoti.
