Ikiteisminį tyrimą atlikę STT Vilniaus valdybos pareigūnai nustatė, kad minėti nuteistieji 2012 m. pavasarį, veikdami bendrininkų grupėje, organizavo dokumentų, kurių pagrindu mechaninio biologinio atliekų apdorojimo įrenginio statybai neteisėtai buvo išnuomotas valstybinės žemės sklypas Vilniuje, suklastojimą.
VAATC neturėjo teisės išsinuomoti sklypo, kuriame buvo sumanyta pastatyti mechaninio biologinio atliekų apdorojimo įrenginį (atliekų rūšiavimo liniją), todėl suklastotuose dokumentuose buvo nurodyta melaginga informacija, kad žemės sklype yra neegzistuojantys statiniai. Suklastoti dokumentai buvo pateikti Valstybinės teritorijų planavimo ir statybos inspekcijos Vilniaus skyriui, Registrų centro Vilniaus filialui ir Nacionalinės žemės tarnybos Vilniaus miesto skyriui.
Vilniaus miesto apylinkės teismas 2016 m. lapkričio 16 d. kaltinamuosius, kaltintus dėl piktnaudžiavimo tarnybine padėtimi ir dokumentų klastojimo, išteisino, tačiau prokuratūra, motyvuodama, jog teismo išvados neatitinka faktinių bylos aplinkybių, taip pat dėl esminių baudžiamojo proceso kodekso pažeidimų vertinant aplinkybes, nuosprendį apskundė Vilniaus apygardos teismui ir paprašė visus tris kaltinamuosius nuteisti.
Apeliacinės instancijos teismas prokuratūros skundą tenkino iš dalies ir šiuos tris valdininkus pripažino kaltais dėl dokumentų klastojimo organizavimo.
Pasisakydamas dėl kaltinimų piktnaudžiavus tarnyba apeliacinės instancijos teismas konstatavo, jog J.Urbanavičiaus ir R.Rudukienės veiksmai diskreditavo valstybės tarnautojo vardą, taip pat sumenkino valstybinio valdymo institucijos vardą, tačiau pastarieji nesiekė ir neturėjo asmeninės naudos, o jų veika nesiekia pavojingumo, už kurį numatyta baudžiamoji atsakomybė, ribos.
Buvusiam Vilniaus miesto savivaldybės administracijos direktoriaus pavaduotojui J.Urnanavičiui skirta 7,523 tūkst. eurų bauda, Miesto plėtros departamento direktoriaus pavaduotojai R.Rudukienei skirta 5,649 tūkst. eurų bauda, buvusiam VAATC direktoriui N.Žiliui skirta 5,649 tūkst. eurų bauda.
