Pasak Generalinės prokuratūros, 2009 m. rugpjūčio 27 d. gavus duomenų apie Lietuvos Respublikos pilietės Eglės Kusaitės dalyvavimą bendrininkų grupėje teroro aktui įvykdyti Lietuvos Respublikos Valstybės saugumo departamento Ikiteisminio tyrimo skyriuje buvo pradėtas ikiteisminis tyrimas dėl organizuotos grupės subūrimo teroro aktui įvykdyti.
Šiame ikiteisminiame tyrime E.Kusaitei įteiktas pranešimas apie įtarimą pagal Baudžiamojo kodekso 250 str. 5 d., 21 str. 1 d. bei 250 str. 4 d., įtariant ją tuo, kad ji kūrė organizuotą grupę teroro aktui įvykdyti, dalyvavo organizuotos grupės teroro aktui vykdyti veikloje bei rengėsi įvykdyti teroro aktą sprogdinant save strateginės reikšmės objekte, taip sukeliant pavojų daugelio žmonių gyvybei ir sveikatai bei siekiant, kad dėl to atsirastų sunkių padarinių – susisprogdinimo metu būtų nužudyta kiek galima daugiau žmonių ir šiais veiksmais įbauginti žmonės.
Ikiteisminio tyrimo metu atlikti visi būtini ikiteisminio tyrimo veiksmai, kurių metu gauti duomenys prokurorui leido padaryti pagrįstą išvadą dėl duomenų, pagrindžiančių įtariamosios kaltę dėl nusikalstamų veikų padarymo pakankamumo.
2009 m. spalio 24 d. įtariamoji E. Kusaitė laikinai sulaikyta 48 valandoms. 2009 m. spalio 26 d. ikiteisminio tyrimo teisėjo nutartimi E. Kusaitei paskirta kardomoji priemonė – suėmimas, kurio terminas pratęstas iki rugsėjo 26 d.
2010 m. kovo 3 d. ikiteisminį tyrimą pavesta atlikti Generalinės prokuratūros Organizuotų nusikaltimų ir korupcijos tyrimo departamento prokurorui Justui Lauciui.
2010 m. liepos 19 d. proceso dalyviams buvo paskelbta apie ikiteisminio tyrimo pabaigą.
2010 m. liepos 22 d. priimtas administracinis sprendimas ikiteisminio tyrimo atlikimą pavesti Generalinės prokuratūros Organizuotų nusikaltimų ir korupcijos tyrimo departamento prokurorui Mindaugui Dūdai.
2010 m. spalio 29 d. kaltinamasis aktas su baudžiamąja byla su perduota Vilniaus apygardos teismui.
