J.M.Bergoglio, būdamas Argentinos Bažnyčios galva, ne vienerius metus kritikavo Kirchnerių politiką – pirmiausia prezidento Nestoro Carloso Kirchnerio, o po to ir jo žmonos C.Fernandez de Kirchner.
Laikraštis „La Nacion“, remdamasis oficialiais šaltiniais, rašo, kad prezidentę žinia iš Vatikano apstulbino. Taip pat leidinys pabrėžia, kad ji negalėjo nuslėpti nepasitenkinimo ir nuostabos dėl tokio pasirinkimo. O jos kolegos esą kartojo, kad to „negali būti“ ir „didesnė nesėkmė negalėjo ištikti“.
Oficialiai prezidentė C.Kirchner apie tautiečio išrinkimą popiežiumi pasisakė praėjus kelioms valandoms po jo išrinkimo. Viename socialiniame tinkle ji palinkėjo kardinolui J.M.Bergoglio sėkmingo sielovados darbo.
Paskutinį kartą prezidentė su buvusiu Buenos Airių arkivyskupu buvo susitikusi beveik prieš trejus metus – 2010 metų kovo 17 dieną. Tuomet ji priėmė Argentinos Bažnyčios vadovus, tačiau šalies žiniasklaida pabrėžia, kad jų santykiai ir iki susitikimo, ir po jo išliko įtempti.
Prezidentės ir J.M.Bergoglio konflikto kulminacija buvo diskusijos dėl homoseksualų santuokų įteisinimo. Dabartinis popiežius griežtai pasisakė prieš tokias santuokas ir visais būdais trukdė šį dalyką įteisinti.
Dar blogesni naujai išrinkto popiežiaus santykiai buvo su 2010 metais mirusiu C.Kirchner vyru, buvusiu Argentinos prezidentu N.Kirchneriu. Tačiau J.M.Bergoglio N.Kirchneriui mirus reagavo žaibiškai ir praėjus vos kelioms valandoms laikė už mirusįjį šv. Mišias.