Tačiau po jo galerijomis, paslėpta rūsyje, slypi daug kontraversiškesnė kolekcija: 18 tūkst. kaukolių, tarp kurių yra Afrikos genčių vadų, Kambodžos sukilėlių ir čiabuvių iš Okeanijos palaikai.
Daugelis jų buvo surinkti buvusiose Prancūzijos kolonijose, kolekcijoje taip pat yra daugiau nei 200 Amerikos indėnų iš įvairių genčių, tokių kaip sijai bei navahai, kaukolių,
Šie palaikai, saugomi kartoninėse dėžėse, laikomose metalinėse lentynose, sudaro vieną didžiausių pasaulyje žmonių kaukolių kolekcijų, jos skaičiuoja ne vieną šimtmetį ir buvo surinktos iš visų žemės kampelių.
Tačiau jie taip pat yra ryškūs priminimai apie jautrią praeitį ir todėl juos ilgą laiką gaubė paslaptis. Informacija apie kaukolių kilmę ir visos kolekcijos kontekstą, galinti atverti duris kompensacijų reikalavimams, niekada nebuvo viešai paskelbta, bet yra aprašyta muziejaus dokumentuose, kuriuos gavo „The New York Times“.
