Pertvarką numatyta vykdyti etapais. Per pirmąjį etapą vietoj 13 šiuo metu veikiančių valstybinių mokslinių tyrimų institutų liks 11, o institutų, kurie vykdo giminingą, veiklą, koordinuos dvi asociacijos.
Socialinių mokslų srities mokslinius tyrimus vykdantį Lietuvos socialinių tyrimų centrą, Lietuvos teisės institutą ir Lietuvos agrarinės ekonomikos institutą numatoma sujungti į didesnį Lietuvos socialinių tyrimų centrą.
Fizinių ir technologijos mokslų centro, Lietuvos energetikos instituto ir Lietuvos agrarinių ir miškų mokslų centro veiklą iki 2020 metų kovo koordinuos juos vienijanti asociacija.
Lietuvos istorijos institutą, Lietuvių kalbos institutą, Lietuvos kultūros tyrimų institutą bei Lietuvių literatūros ir tautosakos institutą koordinuos Lituanistikos institutų asociacijos koordinacinė taryba.
„Pertvarkydami mokslinių tyrimų institutų tinklą siekiame sutelkti pavienėse mokslininkų grupėse turimą potencialą ir taip judėti prie didesnio tarpdiscipliniškumo, aukštesnės mokslinių tyrimų kokybės ir praktinio žinių taikymo valstybės ir visuomenės poreikiams“, – Vyriausybės pranešime S.Skvernelis.
Planuojama, kad institutų integracijos procesai prasidės šių metų rugsėjį.
Organizuojama pertvarka ketinama sumažinti administracines išlaidas, daugiau lėšų skirti moksliniams tyrimams, taip pat didesnį dėmesį skirti mokslu grįstų inovacijų kūrimui.