Daugiausia naujovių šis motociklas sulaukė ten, kur plika akim nieko nematome. Tai variklis. Į „Ninja 250R“ bus montuojamas atnaujintas variklis, kuris gavo visiškai naujus stūmoklius, cilindrus ir karterį. Taip pat atnaujinta ir degalų įpurškimo sistema. Trumpiau tariant, motociklas gavo beveik naują variklį.
Palyginti su pirmtaku, naujasis motociklas įgavo kiek stambesnį rūbą. Nuo šiol išorės apdaila šiek tiek masyvesnė. Taip pat motociklas gavo ir naują rėmą, ant kurio sumontuotas variklis ir visa apdaila. Pasak gamintojo, naujasis rėmas turėtų sumažinti vibraciją. Nuo šiol kaip standartinė įranga bus montuojama ir ABS sistema.
Deja, bet gamintojas tyli ir nieko nesako apie motociklo technines galimybes. Tačiau galima spėti, kad atnaujintas variklis turės apie 35 arklio galias.