Ji prasideda dar tolimais 1582 m. Tuomet LDK kancleris Eustachijus Valavičius sklypą, kuriame dabar yra Reformatų skveras, padovanojo evangelikų reformatų išlaikomai prieglaudai ir kapinėms.
Tačiau evangelikai reformatai turėjo maldos namus priešais Šv. Mykolo bažnyčią (dab. Švietimo ministerijos vietoje), todėl sklypą išnuomojo dominikonams.
Bet dėl prasidėjusio religinio konflikto su katalikais, kurio metu buvo ir pogromų, ir sunaikinimų, evangelikai reformatai buvo priversti nugriauti savo maldos namus ir persikelti į dabartinę Reformatų skvero vietą.
Nesutarimai prasidėjo 1639 m., kai Vilniaus reformatų parapijos kunigas Jurkovskis atliko krikštynų apeigas. Po jų vyko šventė, kurios metu du kalvinistų mokyklos mokiniai, ar, kaip kiti teigė, keli išgėrę svečiai, paėmę lankus pradėjo šaudyti į vienuolyno bažnyčios langus. Šaudydami jie pataikę į arkangelo Mykolo atvaizdą prie vienuolyno durų.
Kai pasklido žinia, kad eretikai šaudo į katalikų bažnyčią, minia, jėzuitų mokinių vedama, puolė kalvinistų mokyklą norėdami ją sugriauti. Įgyvendinti savo užmačių nepavyko, todėl išliejo savo pyktį į ten esantį vieno reformato namą.
Puolantieji jautėsi tokie drąsūs, kad sutikę gatvėje reformatų parapijos mokyklos rektorių, vokietį Hartliebą, nutempė į upę ir bandė prigirdyti. Tik su kariuomenės pagalba kunigaikščiui Kristupui Radvilai pasisekė numalšinti įsiutusią minią.
O tada, panašiai kaip ir dabartiniais laikais, pasipylė skundai ir įvairūs raštiški kaltinimai. Teismo procesas buvo perkeltas į Varšuvoje vykstantį seimą, kur 1640 m. gegužės 21 d. pradėtos derybos dėl vienuolių ir Vilniaus parapijos proceso.
Gegužės 25 d. buvo paskelbta, kad:
1. Reformatų bažnyčia ir mokykla, kurios stovėjo prieš Šv. Mykolo bažnyčią, turi būti visai sunaikintos ir pastatytos naujos už miesto sienų. Mieste laikyti pamaldas griežtai draudžiama;
2. Tie, kurie šaudė į bažnyčią, arba prikalbinėjo kitus tai daryti, kaip kunigai Jurkovskis ir Zabeckis, nuteisti mirti. Jei jiems pasisektų pabėgti, tai šie nustotų gero vardo, o turimas turtas būtų konfiskuotas;
3. Visa tai bus įvykdyta tik tuomet, kai vienuolyno vyresnioji ir 7 kitos vienuolės po priesaika patvirtins savo žodžius.
Sujaudintas proceso pabaigos Kristupas Radvila iš Varšuvos skubiai nuvyko į Vilnių, kad pats galėtų išgirsti vienuolių priesaiką. Čia pasklido gandai, kad Kristupas Radvila su didele kariuomene traukiąs į Vilnių ir prievarta norįs sutrukdyti vienuolių priesaiką.
1640 m. liepos 21 d. vienuolės ne savo noru, o klausydamos vyskupo įsakymo prisiekė, kad iš evangelikų bažnyčios buvo šaudoma į Šv. Mykolo bažnyčią ir į šventus paveikslus.
Vienuolės kaltino Vilniaus kalvinistus, kad, be kitų blogų darbų, jie šmeižė katalikų bažnyčią ir su panieka žiūrėjo į vienuoles, iš lanko šaudė į Šv. Mykolo bažnyčią ir viena nukritusia ten strėle beveik nušovė besimeldžiančią vienuolę, o kapuose užmušė keletą elgetų.
Susijaudinęs dėl neteisingo senatorių sprendimo Vilniaus vaivada ir Lietuvos etmonas kunigaikštis Kristupas Radvila susirgo ir 1640 m. rugsėjo mėn. mirė.
1640 m. pabaigoje Lenkijos karalius ir Lietuvos didysis kunigaikštis Vladislavas Vaza pasirašė dekretą, kuriuo evangelikai reformatai buvo iškelti už Vilniaus miesto sienos ribų. Ten, anksčiau dovanotame sklype, jie įkūrė savo kapines bei pastatė pirmąją medinę bažnytėlę.
1682 m. balandžio 3 d. fanatikų sukurstyta minia sugriovė bažnytėlę iki pat pamatų, o kapines išniekino. Gavę Lenkijos karaliaus ir Lietuvos didžiojo kunigaikščio Jono Sobieskio leidimą, reformatai atstatė medinę bažnyčią ir sutvarkė kapines.
1835 m. Pylimo g. rytinėje pusėje pastačius naujus klasicizmo stiliaus maldos namus, stovinčius ir dabar, buvusi medinė bažnyčia nugriauta.
Ten taip pat stovėjo 1777 m. LDK kariuomenės pulkininko Boguslavo Šrėterio iniciatyva pastatyta Šrėterių šeimos mauzoliejinė koplyčia.
Nors kapinėse nuo XIX a. pradžios jau buvo nebelaidojama, kapai dar buvo gerai prižiūrimi iki pat 1945 m., kai sovietų valdžia visą reformatų sklypą pavertė skveru.
1954 m. architekto Sigito Lasavicko iniciatyva prasidėjo Šrėterių koplytėlės restauravimas. Ir, nors objektas darbo apimtimi nebuvo didelis, jis tai atliko labai kruopščiai išmatuodamas ir nupaišydamas planus, nuotraukose įamžindamas ją prieš restauravimą, restauravimo metu ir po restauravimo.
Darbai buvo baigti 1955 m., o įrengtos patalpos naudojamos komunalininkų susidėti grėblius, kastuvus ir kt. ūkio reikmenis. Tarsi nujaučiant, kad toks objektas gali užkliūti sovietų valdžiai, Sigito Lasavicko prašymu 1971 m. Šrėterių šeimos koplyčia buvo įrašyta į „LTSR architektūros paminklų, saugomų valstybės“ sąrašą.
Tačiau 1983 m., statant paminklą „Tarybiniams partizanams ir pogrindininkams“ (skulptoriai – A. Zokaitis, J. Kalinauskas; architektai – G. Baravykas, G. Ramunis, K. Pempė), senųjų evangelikų reformatų kapinės galutinai sunaikintos.
Taip pat buvo sunaikinta ir naujai restauruota antžeminė Šrėterių koplyčios mauzoliejaus dalis. Užpilta žemėmis išliko tik stačiakampio plano laidojimo kripta ir mūro pamatas.
Kultūros archyvo ženklu pažymėta straipsnių serija – tai Lietuvos literatūros ir meno archyvo iniciatyva, skirta archyvo fonduose saugomai dokumentinei medžiagai viešinti ir tyrinėti.
