Savivaldybės tarybos sprendimu, restauruota sinagoga perduota Alytaus kraštotyros muziejui. Dalis patalpų skiriamos Alytaus žydų bendruomenės atminimui įamžinti, kitose bus rengiamos parodos, vyks koncertai, konferencijos, seminarai, edukacijos, mokymai, paskaitos, knygų pristatymai, filmų peržiūros ir kiti įvairios meninės raiškos renginiai.
Manoma, kad pirmoji medinė sinagoga Alytuje buvo pastatyta šalia aikštės Kauno gatvėje 1856 m. Tai buvęs nedidelis, krosnimis šildomas namas, kuriame glaudėsi mokykla ir rabino butas. Maždaug toje pat vietoje XIX a. pabaigoje pastatyta mūrinė sinagoga. Jos projekto autorius nenustatytas, projektas Lietuvos archyvuose nerastas.
Didelės mūrinės sinagogos pastatymo faktas byloja apie aukštą tuometinės Alytaus žydų bendruomenės kultūrinį ir ekonominį lygį. Alytaus sinagoga yra istorizmo laikotarpio vadinamojo plytų stiliaus pastatas, būdingas to meto miestelių architektūrai. Per 1909 ir 1911 metų gaisrus sinagoga smarkiai apdegė. Sinagoga atstatyta 1911 m. ir tapo svarbia besiformuojančio Alytaus miesto centro architektūrine dominante. Tais pačiais metais šalia pastatytas ir rabino namas.
Nepaisant ilgalaikės nepriežiūros ir netinkamų laikymo sąlygų, pirminė sinagogos išvaizda išliko beveik nepakitusi. Pastatas kompaktiško vientiso tūrio, vieno ir dviejų aukštų, sumūrytas iš geltonų ir raudonų plytų, netinkuotas, dengtas dvišlaičiu stogu. Sinagoga netaisyklingo keturkampio plano: rytų pusėje – erdvi vienaukštė vyrų salė, į kurią patenkama per prieangį, vakarų pusėje – siaura dviaukštė dalis, sovietmečio rekonstrukcijų metu suskaidyta dviem skersinėmis sienomis.
Pagrindinis vakarų fasadas – dviejų aukštų, asimetriškos kompozicijos (kairėje pirmojo aukšto pusėje yra du, dešinėje – trys langų angos). Centrinėje šio fasado dalyje dominuoja perspektyvinis portalas su pusapvale arka, tūrinės mentės ir trikampis frontonas. Tarp menčių, virš portalo yra langas, reljefinė šešiakampė Dovydo žvaigždė ir porinės nišelės, simbolizuojančios Dešimties Dievo įsakymų plokštes. Rytų (galinis) fasadas vieno aukšto, simetriškas. Centrinę jo dalį akcentuoja siauri piliastrai, viršuje sujungti archivoltu. Tarp piliastrų įkomponuota niša, žyminti aron hakodešo vietą. Virš jos – porinės nišelės, Dekalogo užuomina ir maža apskrita angelė. Šio fasado langai dideli, smailėjančios arkos formos.
Šiaurės ir pietų fasaduose aiškiai matomos vienaukštė ir dviaukštė dalys, atskirtos piliastru. Pastogę juosia puošnus karnizas. Vienaukštėse fasado dalyse dominuoja keturi dideli smailėjančios arkos formos langai su apvadais. Dviaukštės dalys siauros, aukštus skiria tarpaukštinė trauka. Langai nedideli, su segmentinėmis sąramomis, dekoruoti apvadais. Šiaurės fasadas išliko beveik nepakeistas, jame mažiausiai pertvarkymų ir daugiausiai autentiškų elementų. Labiausiai sužalotas pietinis fasadas. Vienaukštėje dalyje vieno lango vietoje sovietmečiu iškirsta plati stačiakampė vartų anga. Dviaukštės dalies angos užmūrytos, sienos plokštumoje įžiūrimos tik antro aukšto segmentinių arkinių angų žymės. Ties pietiniu fasadu labai pakilęs grunto lygis, beveik iki vienaukštės dalies langų apačios.
Atkūrus nepriklausomybę, 1992 metais ketinta sinagogos pastatą sutvarkyti ir pritaikyti Alytaus miesto meno galerijos reikmėms. Rengiant pritaikymo projektą, 1992–1993 m. atlikti kompleksiniai pastato tyrimai:
- Fotogrametriniai matavimai (Paminklų restauravimo projektavimo institutas, toliau – PRPI), Rimantas Žvirblis, 1992;
- Istoriniai tyrimai, PRPI, Sigita Gasparavičienė, 1992;
- Interjerų polichrominiai tyrimai, PRPI, Audronė Kaušinienė, 1992;
- Konstrukcijų tyrimai, PRPI, Jakovas Mendelevičius, 1992;
- Mūro drėgmės ir druskingumo tyrimai, PRPI, Larisa Jurčenko, 1992;
- Inžineriniai – geologiniai tyrimai, PRPI, Vidmantas Vaitiekūnas, 1992;
- Sieninės tapybos cheminiai ir mikologiniai tyrimai, PRPI, Nijolė Rauckienė, 1993;
- Architektūriniai tyrimai, PRPI, Elona Ložytė, 1993.
Remiantis atliktais tyrimais buvo parengtas projektas, tačiau tuo metu, šalyje vykstant sparčioms socioekonominėms permainoms, nepavyko rasti finansavimo šaltinių jo įgyvendinimui ir sinagogos pastatas toliau stovėjo nenaudojamas, o jo būklė kasmet vis blogėjo. Problemą bandyta aktualizuoti ir spręsti 2009 m. Tais metais architektas Rimas Grigas parengė „Alytaus buv. sinagogos ir rabino namo komplekso restauravimo ir pritaikymo vaikų ir jaunimo daugiafunkcinėms reikmėms techninį projektą“. Ir šį kartą, negavus planuoto finansavimo, projektas liko neįgyvendintas. Situacija pasikeitė tik 2015 metais, kai Alytaus miesto savivaldybė, matydama avarinę statinio būklę priėmė ryžtingą sprendimą pradėti sinagogos tvarkybos darbus ir pritaikyti pastatą kultūrinės paskirties reikmėms.
2009 m. projekto pagrindu, 2015 m. architektas R.Grigas parengė naują projekto laidą “Alytaus sinagogos pastato ir rabino namo komplekso (KVR un. K.32379) pritaikymo vaikų ir jaunimo daugiafunkcinėms reikmėms projektas. Alytaus sinagogos pastato (KVR un. K.32380) Kauno g. 9, Alytuje kapitalinio remonto ir paskirties keitimo į kultūros techninis projektas, A laida“ ir „Alytaus sinagogos pastato ir rabino namo komplekso sinagogos pastato (32380) Kauno g. 9, Alytuje, tvarkybos darbų projektą (remontas, avarijos grėsmės pašalinimas, konservavimas, restauravimas, žaibosauga). 2016 m. Kultūros paveldo departamento prie Kultūros ministerijos administruojamos paveldotvarkos programos ir Alytaus miesto savivaldybės lėšomis buvo pradėti pastato eksterjero ir interjero tvarkybos darbai, trukę iki 2020 m. pabaigos.
Sinagogos pastato tvarkybos darbų projekto sprendiniais siekta atkurti pastato erdvių pirminę planinę erdvinę struktūrą, restauruoti ir remontuoti pastato fasadus, atkuriant prarastas jų dalis ir elementus, konservuoti, restauruoti ir eksponuoti vertingiausius vidaus dekoro ir įrangos elementus: pagrindinės maldų salės polichrominį dekorą, pažymint aron hakodešo vietą, bimos aikštelę, moterų galerijos sienų trafaretinio dekoro fragmentus. Įgyvendinant projektą, demontuotos pokarinės pertvaros ir užmūrijimai. Atidengtos autentiškos angos, restauruoti angokraščiai. Pastato vidaus pirminei planinei struktūrai labai reikšminga skersinė siena, skirianti pagrindinę maldų salę nuo moterų galerijos. Atkurtos dvylikos arkinių langų angos antrajame aukšte, pirmajame atidengtos šoninių durų angos, centrinių durų angoje atkurta segmentinė sąrama. Restauruota ir sustiprinta pagrindinės maldų salės perdanga. Atkurta medinė stogo konstrukcija ir cinkuotos skardos danga, įrengta lietaus nuvedimo sistema, apskardintos frontonų centrinės dalys, palangės.
Sudėtingas buvo fasadų mūrinių architektūrinių elementų remontas bei restauravimas, atkuriant prarastas jų dalis ir sugrąžinant pirmines formas. Pastato langai ir durys atkurti pagal išlikusius autentiškus gaminių fragmentus. Nukasus sluoksnį grunto, sugrąžintas pirminis žemės paviršiaus lygis prie pietinio fasado. Daug rūpesčių kėlė apatinės dalies fasadų mūro nudruskinimas (sinagogoje kurį laiką sandėliuota druska) ir išdžiovinimas. Vėliau buvo atliktas lauko sienų stiprinimas injekuojant esamus mūro įtrūkimus, fasadų paviršių siūlių rievėjimo, pamatų ir cokolio tvarkybos darbai, įrengta nuogrinda iš lauko riedulių.
Pastato viduje restauruotos bimos kolonos – atkurtas žalsvai mėlynas atspalvis. Suremontuoti ir sustiprinti betoniniai kolonų pamatai, atkurta bimos aikštelės pakyla. Pagrindinėje salėje paklotos medžio lentų grindys, restauruotoje perdangoje atkurtas tinkas ant balanų. Įrengtos patalpos antrame aukšte, buvusioje moterų galerijoje, ir pastato pastogėje.
1992 m. restauratorė A.Kaušinienė vykdė išsamius sinagogos interjero polichromijos tyrimus. Jų metu rasta du stratigrafijos sluoksniai. Tyrimų metu paaiškėjo, kad vėlyvesniojo sluoksnio tapybos dekoras labai charakteringas to laikotarpio sinagogų sienų tapybai: sienų fonui naudota melsvai žalsva spalva, piliastrams – ochrinė ir raudona, augalų girliandos ir rokailiai virš langų – įvairių pastelinių atsplavių. Tapyba meistriška, niuansuota. Mažiausiai dekoruota maldų salės vakarinė siena. Antrajame aukšte esančioje moterų galerijoje taip pat rasti du stratigrafijos sluoksniai. Ši patalpa buvo dekoruota trafaretiniais ornamentais (abiejuose tapybos sluoksniuose). Antrojo sluoksnio būklė prastesnė, jis daugelyje vietų nubyrėjęs.
Alytaus sinagogos pastato sienų tapybos konservavimo ir restauravimo darbai pradėti praėjus beveik trims dešimtmečiams po tyrimų atlikimo. Per tą laiką sienų tapybos būklė dar labiau pablogėjo. Sienų tapybos konservavimo ir restauravimo darbams vadovavo ankstesnių tyrimų autorė A.Kaušinienė. Pagrindinės maldų salės sienų tapybinis dekoras panelio aukštyje ir aukščiau buvo sunaikintas druskų. Sienų plokštumose išlikęs tapybos sluoksnis buvo avarinės būklės, nestabilus, sutrūkinėjęs, lukštenosi, pačiose sienose – daug mechaninių tinko pažeidimų, plyšių.
Atliekant Alytaus sinagogos sieninės tapybos konservavimo darbus paaiškėjo, kad po antro etapo aliejine tapyba (1911 m.) yra daug kur išlikęs pirmo etapo tapybinis dekoras. Pirminiame etape (XIXa. pab.) maldų salės sienų frizas buvo ištapytas stilizuotomis augalinėmis girliandomis, sienos dekoruotos marmurą imituojančiomis melsvų, žalsvų atspalvių plokštėmis, kurias skaidė piliastrai. Rytinės sienos centre išlikę aron hakodešo dekoro fragmentai. Technologiškai tike pirmojo, tiek antrojo etapo tapybos sluoksnio konservavimo ir restauravimo darbai buvo labai sudėtingi. Kruopščiai restauruota Alytaus sinagogos sienų tapyba atskleidė tapybinio dekoro meistriškumą ir subtilų puošnumą, leido suprasti interjero dekoro sistemos prasminius ir simbolinius akcentus, įgalino nors iš dalies atverti ir pilnatviškiau suvokti buvusių žydų maldos namų vidaus erdvių sakralumą.
Alytaus sinagogos pastato tvarkybos (konservavimo, remonto, restauravimo ir avarijos grėsmės pašalinimo) ir kapitalinio remonto darbus atliko UAB „Ekodora“ (direktorius Remigijus Indriulionis). Be pagrindinių konservavimo ir restauravimo darbų, pastate įrengta žaibosaugos sistema, atlikti kapitalinio remonto bei pritaikymo darbai: pirmajame aukšte įrengtas tambūras, vestibiulis, laiptinė, koridorius, moterų WC, neįgaliųjų ir vyrų WC, techninė patalpa, keltuvas neįgaliesiems. Antrajame ir trečiajame aukštuose įrengtos pagalbinės ir techninės patalpos. Pastatas pritaikytas neįgaliųjų reikmėms. Ilgai trukę tvarkybos darbai technologiškai buvo sudėtingi, nes pastato būklė buvo itin bloga.
Sienų tapybos restauratorių komandai vadovavo A. Kaušinienė, konservavimo ir restauravimo darbus atliko restauratorės Aušra Gervienė, Vita Gaidelytė, Audronė Kaušinienė, Viktorija Siverskaja, Gabrielė Venskutė, Jolita Juknelevičienė, Giedrė Molytė.
Projekto vykdymą administravo Kultūros infrastruktūros centras. Centro duomenimis, Alytaus sinagogos tvarkymo darbai kainavo daugiau kaip 1 mln. eurų: LR kultūros ministerija skyrė 206 056,00 eurus Europos Sąjungos lėšų, 238 504,16 euro pridėjo pati Alytaus miesto savivaldybė, 584 200,00 eurų skirta iš Paveldotvarkos programos lėšų (apie 55 proc. išlaidų sudarė tvarkybos darbai, 45 proc. Lėšų skirta kapitaliniam remontui ir įveiklinimo poreikiams).
