Dvaras skaičiuoja beveik 250 m. istoriją
Pasak archeologo, dr. V.Vaitkevičiaus, istoriniuose dokumentuose minimas Panerių dvaras pradžioje greičiausiai stovėjo šalia esančiose Karageliškėse. Mokslininkas mano, jog kažkuriuo metu, keičiantis savininkams, dvaras buvo perkeltas iš Karageliškių į dabartinę jo vietą Paneriuose. Pirmosios Panerių gyvenvietės sodybos neoficialiai vadintos Pakalne.
1795 m. revizijos duomenimis, Panerių palivarką tuomet valdė Juozapas Rogalskis. Palivarkas buvo medinis, turėjo dviejų katilų bravorą. Manoma, kad dvaro įkūrėjas ir pirmasis valdytojas buvo Simonas Liudvikas Gutakovskis. Vėliau dvaras perėjo Oginskių, o po to Gutakauskų žinion.
Nuo karališkojo šambeliono iki grafo, dvaras išgyveno daugybę permainų. Į jo valdas įėjo palivarkai, o savininkai keitėsi nuo Poniatovskio sekretoriaus iki Kauno gimnazijos direktoriaus. Antrojo pasaulinio karo pabaigoje dvaras buvo nacionalizuotas.
Nebaigti rūmai išsiskiria asimetrija
Iš pradžių dvaro būta medinio, vėliau iškilo dviaukštis mūrinis pastatas su skliautinėmis lubomis, o dar po kurio laiko pristatytas ir barokinio stiliaus priestatas.
XIX a. pr. statyti dvaro rūmai yra klasicistiniai, turi baroko bruožų. Jie asimetriški. Greičiausiai tai rodo, kad pirminis projektas nebuvo įgyvendintas, mat taip pažeistos klasicizmo stiliaus taisyklės.
Dabartinį dvaro ansamblį sudaro XIX a. statytas dviaukštis ponų namas bei pokariniai dvaro ūkiniai pastatai: oficina, kumetynas, sandėlis, dveji tvartai, XIX a. vid. pastatyta ledainė.
Vertingiausias iš jų – medinis kumetynas pastatytas XIX a. pab.–XX a. pr., iš dalies rekonstruotas XX a. II p. Lietuvos dvaruose tokios paskirties mediniai pastatai paprastai būna sunykę.
Išskirtinis parkas nukentėjo per vėtrą
Dvarą supa nedidelis labiau geometrinio plano parkas, įkurtas XIX a. pabaigoje. Jame vyrauja vietiniai medžiai – mažalapė liepa, paprastasis klevas, uosis, ąžuolas, karpotasis beržas, paprastoji eglė, pušis. Yra ir retesnių rūšių: dygioji eglė, europinis maumedis, vakarinė tuja, uosialapis klevas, amerikinis ir žaliasis uosiai, plikoji lanksva. Parke yra dvi liepų alėjos ir senas ąžuolas.
Parkas įkurtas XIX a. pab., o 1958 m. jis paskelbtas saugomas valstybės. Dvaro sodyba ir teritorija aplink ją yra įtraukti į kultūros vertybių registrą.
2023 m. rugpjūčio mėn. Paneriuose praūžusi vėtra išvertė dešimtis senųjų parko medžių.
Prieplauka, teniso kortai ir vaikų globos namai
Prieš Antrąjį pasaulinį karą Panerių dvaras priklausė Kauno gimnazijos direktoriui Stasiui Kairiūkščiui, kuris po Antrojo pasaulinio karo buvo išvežtas į Sibirą. Nacionalizuotas dvaras atiteko Rašytojų sąjungai. Dvaras tapo pensionu su teniso kortais ir slidinėjimo trasa, paplūdimiu, prieplauka.
Čia ilsėjosi daug žymių žmonių: M.Sluckis, Liudas Gira, Eduardas Mieželaitis, Antanas Jonynas ir kt. M.Sluckis čia parašė romaną „Geri namai“.
Vėliau dvaro rūmuose buvo įkurti vaikų globos namai, o nuo 1968 m. dvaro pastatai priklausė čia pastatytai Vievio sanatorinei-internatinei mokyklai. Mokykla buvo skirta kardiologinių sveikatos sutrikimų ir kitų specialiųjų poreikių turintiems vaikams. 2012 m. mokykla uždaryta.
