Iki tol tarnavęs kaip kareivinės (buvo apsistoję apie 200 kareivių), 1924 m. IX fortas buvo pertvarkytas į kalėjimą: iš Krašto apsaugos perėjo Teisingumo ministerijos žinion.
Pasivaikščioti kaliniai buvo išleidžiami valandai. Galėjo eiti tik ratu. Bendrauti tarpusavyje buvo uždrausta.
Teritoriją apjuosė šešių metrų aukščio mūrinė siena, viršuje dabinta spygliuota viela. Šonuose – du sargybinių bokštai.
Pastatytas pasimatymų kambarys perskyrė kiemą į dvi dalis: ten, kur dirbama, ir ten, kur ilsimasi. Pasivaikščioti kaliniai buvo išleidžiami valandai. Galėjo eiti tik ratu. Bendrauti tarpusavyje buvo uždrausta.
Pasimatymų kambarėlyje išbūti buvo leidžiama apie 15 minučių. Kalinius nuo mylimųjų skyrė ne tik grotos ir betonas, bet ir tarpas, kuriame nuolat patruliavo juodais rūbais vilkintys prižiūrėtojai. Didžiausiu nusikaltimu laikytas bandymas ką slapta perduoti. Tuomet pasimatymai nutrūkdavo ilgam. Visiems.
Prasižengusiems buvo įrengti trys karceriai: kurortinis, betoninis ir šlapiasis. Betoniniame kalėdavo ir po septynis asmenis. Deguonis į mažytį tarsi grupinį karstą betoninį kambarėlį atitekėdavo tik pro mažytę skylutę. Išbūti ten buvo įmanoma daugiausiai 5 dienas.
Kurortiniame karceryje niekad nekvepėjo kurortu. Anaiptol. Prižiūrėtojų ar istorikų ironijos kupiname pavadinime slypėjo skaudūs išgyvenimai. Karceris buvo įrengtas po laiptais, tad jame kalinčiam netekdavo užmigti. Kurpėtos kalinių pėdos ar metalu kaustyti prižiūrėtojų batai keldavo tokį triukšmą, kad retam kuriam nepasimaišydavo protas. Laiką leisdamas „kurorte“, kalinys per dieną gaudavo tik 200 g duonos ir tam tikrą limituotą kiekį vandens.
Nors šlapiajame karceryje erdvės būdavo daugiausiai, jame daugeliui sušlubuodavo sveikata.
Neprasižengę kaliniai laiką leisdavo darbuose ar kamerose. Dviaukštėse forto kareivinėse jų buvo įkurta keturiolika.
Nuolatinio gydytojo nebuvo. Jis atvykdavo tik dukart per metus – iš centrinio kalėjimo mieste.
20 kv. m. kameroje glaudėsi 18-20 politinių ar kriminalinių nusikaltėlių. Kartais kalėjimas būdavo toks perpildytas, kad naujam kalinčiajam liepdavo su pagalve ateiti po keleto savaičių.
Dienos metu prisėsti niekas neleisdavo. O ir nebūdavo kur: reikia dirbti. Sulankstomas loveles specialiai pakeldavo prie sienų, kad nebūtų į ką atsiremti. Tie, kurie užmigdavo išvargę ant suoliuko, būdavo griežtai baudžiami.
Nuo sienų sklido šaltis, jautėsi stiprus pelėsių kvapas. Grindimis sruveno vanduo, nunešantis vienintelį bendrą kalinių apavą – klumpes, – iki pat grotuoto išėjimo. Kojos nuolat būdavo peršlapusios, tad nenuostabu, jog tokiomis sąlygomis gyvendami kalintieji sirgo. Sergama buvo sunkiomis ligomis kaip reumatas. Kažkas nuolat kosėjo, kažkas – karščiavo.
Nuolatinio gydytojo nebuvo. Jis atvykdavo tik dukart per metus – iš centrinio kalėjimo mieste.
Kalinio uniformų šiame kalėjime niekas nedėvėjo. Visą bausmės laiką nuteistieji leisdavo tais pačiais rūbais, su kuriais į kalėjimą ir ateidavo.
Dienos metu plušėdavo kaliniai 74 ha užimančiame žemės sklype. Užauginta produkcija maitindavo visus Kauno kalinčiuosius. Dalis kalinių sodinto vaismedžių sodo išliko iki šių dienų. Dirbdavo jie ir knygrišiais, staliais. Leisdavo nelegalų laikraštį.
Didžiausias malonumas buvo slaptų raštelių ar laikraščių perdavimas. Juos slėpdavo arba suoliuko atplaišoje, arba ventiliacijos angoje. Išimi vieną plytą, kyšteli ten raštelį ir vėl grąžini ją į vietą. Kaip nieko ir nebūtų buvę.
Žymiausi politiniai kaliniai dažniausiai kalėdavo ypatingo režimo kameroje: nenorėta, kad jie bendrautų su kitais ir skleistų savo komunistinę propagandą. Žymiausi Kauno sunkiųjų darbų kalėjimo skyriaus kalintieji – Antanas Sniečkus (ilgametis Lietuvos komunistų partijos Centro komiteto pirmasis sekretorius) bei Motiejus Šumauskas (Sovietinės Lietuvos ministrų tarybos pirmininkas).
1940 m. inkorporavus Lietuvą į Sovietų Sąjungą, IX forto šeimininku tapo Sovietų Sąjungos Vidaus reikalų liaudies komisariatas (NKVD). Fortas paverstas tarpine, daugiausiai politinių kalinių, persiuntimo stotele. Jame buvo surenkami Kauno ir kitų aplinkinių vietovių įkalinimo įstaigose laikomi asmenys, prieš išsiunčiant juos į GULAG‘o lagerius Sovietų Sąjungos gilumoje.
Vėliau IX fortas pagarsėjo kaip žydų kalinimo bei žudymo vieta. Negalutiniais duomenimis, Antrojo pasaulinio karo metu IX forte nužudyta apie 50 000 žmonių.
Visa ši istorija – dar gyva ir pajusti ją galima apsilankius IX forto muziejuje Kaune.
