Izoliavimo tvarką reglamentuoja Sveikatos apsaugos ministro įsakymas Nr. V-352. Jame numatytos išimtys, kada izoliavimo taisyklės nėra taikomos. Izoliavimas nėra skiriamas, pavyzdžiui, diplomatams, kariams, per Lietuvą tranzitu vykstantiems asmenims.
Šis sąrašas buvo papildytas išimtimis konkrečiai dėl Lenkijos. Sveikatos apsaugos ministras Aurelijus Veryga penktadienį spaudos konferencijoje minėjo, kad išimčių reikia dėl to, jog Lenkija yra Lietuvos pasienio valstybė. Jos buvo derinamos ir su Latvija bei Estija.
Numatyta, kad privaloma 2 savaičių izoliacija nėra taikoma tiems, kurie atvyksta iš Lenkijos, kai joje buvo darbo, studijų ar su žemės ūkio veikla susijusiais reikalais.
Taip pat – jeigu per Lenkiją buvo grįžtama tik tranzitu. Tokia išimtis padaryta tik Lenkijai. Kitais atvejais izoliacija privaloma ir tuomet, jei per paveiktas šalis keliaujama tranzitu (automobiliu, viešuoju transportu ir pan.), išskyrus oro transportą, jei neišeinama iš tranzito zonos.
Paveiktomis koronaviruso infekcijos šalimis laikomos tos šalys, kuriose sergamumo rodiklis per paskutiniąsias 14 dienų bus didesnis negu 16 atvejų 100 tūkstančių gyventojų. Iš tokių šalių grįžę lietuviai ir iš jų atvykę užsieniečiai turi privalomai 2 savaitėms izoliuotis. Jeigu rodiklis viršija 25 atvejus 100 tūkst. gyventojų, iš tos šalies užsieniečiai į Lietuvą atvykti negali. Lietuviai gali grįžti iš bet kurios valstybės.
Izoliavimas nėra privalomas ir Taisyklės netaikomos šiems sąlytį turėjusiems asmenims, grįžusiems iš užsienio valstybių:
11.1. asmenims, kurie naudojasi imunitetais ir privilegijomis pagal 1961 m. Vienos konvenciją dėl diplomatinių santykių, 1963 m. Vienos konvenciją dėl konsulinių santykių, taip pat pagal kitas Lietuvos Respublikos tarptautines sutartis ir teisės aktus, jų šeimos nariams ir juos aptarnaujančiam personalui, taip pat oficialių delegacijų nariams ir Lietuvos Respublikos diplomatinės tarnybos institucijų personalui;
11.2. NATO ir NATO šalių kariniuose vienetuose tarnaujantiems asmenims ir juos aptarnaujančiam personalui bei jų šeimos nariams;
11.3. specialiesiems kurjeriams, dirbantiems tranzitiniuose traukiniuose ir besinaudojantiems supaprastintu asmenų tranzitu iš Rusijos Federacijos teritorijos į Rusijos Federacijos Kaliningrado sritį ir atgal;
11.4. pareigūnams, vykdantiems ekstradicijos, asmenų perdavimo ar perėmimo užduotis;
11.5. Lenkijos Respublikos piliečiams ir teisėtai Lenkijos Respublikoje gyvenantiems asmenims, grįžusiems ar atvykusiems darbo, studijų ar su žemės ūkio veikla susijusiais reikalais, ir Lietuvos Respublikos piliečiams, grįžusiems ar atvykusiems iš Lenkijos Respublikos, kai buvo vykstama darbo, studijų ar su žemės ūkio veikla susijusiais reikalais;
11.6. Lietuvos Respublikos piliečiams ir Lietuvos Respublikoje teisėtai gyvenantiems asmenims, tranzitu grįžtantiems per Lenkijos Respubliką;
11.7. ekipažų ir įgulų nariams, kurie dirba tarptautinius komercinius vežimus vykdančiose Lietuvos įmonėse ar vykdo tarptautinius komercinius vežimus visų rūšių transporto priemonėmis, izoliacija privaloma nuo atvykimo į Lietuvos Respubliką iki išvykimo iš jos teritorijos dienos, bet ne ilgiau kaip 14 dienų;
11.8. tranzitu per Lietuvos Respublikos teritoriją vykstantiems asmenims.
Izoliacijos vietą taip pat gali būti leista palikti tokiais atvejais:
8.1. organizuoti artimo žmogaus laidotuves, palaikų pargabenimą ir (arba) dalyvauti artimo žmogaus šarvojimo ceremonijoje / laidotuvėse (tik sąlytį turėjusiems asmenims);
8.2. nuvykti į mobilųjį punktą ar asmens sveikatos priežiūros įstaigą tepinėlio iš nosiaryklės ir ryklės COVID-19 ligos (koronaviruso infekcijos) laboratoriniams tyrimams atlikti paėmimui;
8.3. jei asmuo dėl tam tikrų priežasčių turi pakeisti izoliacijos vietą;
8.4. užsieniečiams ir Lietuvos Respublikos piliečiams, gyvenantiems užsienyje, atvykusiems į Lietuvos Respubliką darbo, verslo ar studijų reikalais, kuriems privaloma 14 dienų izoliacija, leidimas nuvykti į darbo, studijų ar kitą, verslo reikalams tvarkyti ar sveikatos priežiūros paslaugai gauti būtiną vietą (tik sąlytį turėjusiems asmenims, grįžusiems iš užsienio), jei ne anksčiau kaip po 7 dienų nuo atvykimo / grįžimo į Lietuvos Respubliką dienos atliktas tyrimas COVID-19 ligai (koronaviruso infekcijai) nustatyti ir gautas neigiamas atsakymas;
8.5. organizuoti ir ar dalyvauti savo ar artimo žmogaus vestuvėse, krikštynose ar jubiliejuje (tik sąlytį turėjusiems asmenims, grįžusiems iš užsienio), kai atvykus į Lietuvos Respubliką yra atliktas tyrimas COVID-19 ligai (koronaviruso infekcijos) nustatyti ir gautas neigiamas atsakymas;
8.6. užsieniečiams ir Lietuvos Respublikos piliečiams, gyvenantiems ar dirbantiems užsienyje, išvykti iš Lietuvos Respublikos nepraėjus 14 dienų izoliavimo laikotarpiui;
8.7. ekipažų ir įgulų nariams, kurie dirba tarptautinius komercinius vežimus vykdančiose Lietuvos įmonėse ar vykdo tarptautinius komercinius vežimus visų rūšių transporto priemonėmis, kai jiems būtina nuvykti į valstybės institucijas ar įstaigas dėl su darbu susijusių dokumentų pateikimo ir (ar) gavimo ar kitais su darbu susijusiais klausimais;
8.8. aukštos kvalifikacijos specialistams, kai atvykus į Lietuvos Respubliką yra atliktas tyrimas COVID-19 ligai (koronaviruso infekcijos) nustatyti ir gautas neigiamas atsakymas, nuvykti į darbo ar kitą, verslo reikalams tvarkyti ar sveikatos priežiūros paslaugai gauti būtiną vietą (tik sąlytį turėjusiems asmenims, grįžusiems iš užsienio);
8.9. aukšto meistriškumo sportininkams, aukšto meistriškumo sporto specialistams, aukšto meistriškumo sporto instruktoriams, sporto medicinos personalo darbuotojams, nuvykti į aukšto meistriškumo sporto pratybas, treniruočių stovyklas, varžybas ir su jų sporto veikla susijusias institucijas ar įstaigas, kai atvykus į Lietuvos Respubliką yra atliktas tyrimas COVID-19 ligai (koronaviruso infekcijos) nustatyti ir gautas neigiamas atsakymas;
8.10. nuvykti atsiimti paštu atsiųstų elektroninio balsavimo kodų, leidžiančių rinkėjui balsuoti Lietuvos Respublikos Vyriausiosios rinkimų komsijos interneto svetainėje (tik sąlytį turėjusiems asmenims, grįžusiems iš užsienio), kai atvykus į Lietuvos Respubliką yra atliktas tyrimas COVID-19 ligai (koronaviruso infekcijos) nustatyti ir gautas neigiamas atsakymas;
8.11. išimtinais atvejais esant kitoms pagrįstoms priežastims, pateikus priežastį pagrindžiančius dokumentus, kai atvykus į Lietuvos Respubliką yra atliktas tyrimas COVID-19 ligai (koronaviruso infekcijos) nustatyti ir gautas neigiamas atsakymas.