Nuo pat Paduvos universiteto įsteigimo 1222 m., jis tapo vienu svarbiausių lenkų, lietuvių ir rusėnų studentų akademinių centrų Europoje. XVI a., susikūrus Abiejų Tautų Respublikai, jos piliečiai užėmė antrąją vietą tarp gausiausiai atstovaujamų tautų Paduvos universitete. Studentų skaičiui nuolat augant, jie įkūrė asociaciją, kurią pavadino Natio Regni Poloniae ir Magni Ducatus Lituaniae. Į jos veiklą įsijungė ne vien studentai, bet ir Paduvoje apsistoję piligrimai, diplomatai ir dvasininkai.
Pirmojo šios draugijos susirinkimo metu, 1592 m. gruodžio 20 d., nutarta finansuoti altoriaus su kripta, skirta mirusiems tautiečiams laidoti, statybą Šv. Antano bazilikoje. Anot Opolės universiteto profesoriaus Mirosław Lenart, lenkų ir italų kultūrinių santykių istorijos tyrinėtojo, tai, kad vieta altoriui vienoje svarbiausių miesto bažnyčių buvo suteikta, aiškiai parodo šios draugijos įtaką ir svarbą Paduvoje Renesanso laikais. Altorius buvo pašventintas 1607 m. ir tapo Abiejų Tautų Respublikos piliečių, reziduojančių Paduvoje, nacionalinio pasididžiavimo liudijimu, jų religinio gyvenimo centru.
Altorių puošusią venecijiečio dailininko Pietro Malombra drobę, vaizduojančią šventuosius Stanislovą ir Hiacintą, vis dar galima pamatyti ant vieno iš bazilikos piliastrų (jos dešinėje). Pats altorius, kurio būta Šv. Antano bazilikos kairiosios navos pradžioje, XIX a. pakeistas kitu, barokiniu, dedikuotu šv. Maksimilijono Marijos Kolbės garbei, o koplyčia perkelta į dabartinę vietą.
Kas gi lėmė šias permainas? Visų pirma – XVIII a. vykę Abiejų Tautų Respublikos padalijimai, kurių trečiasis galutinai ištrynė bendros Lenkijos ir Lietuvos valstybės vardą iš pasaulio žemėlapių, tačiau ne iš jos piliečių atminties, kurie ir emigracijoje nepamiršo savo kultūros paveldo. Būtent jų dėka, plintant lenkų ir lietuvių nacionalinio išsivadavimo idėjoms, paskutiniais XIX a. dešimtmečiais bazilikoje vietoj senosios Šv. Baltramiejaus koplyčios įsteigta nauja Šv. Stanislovo koplyčia.
Tuometinis bazilikos nuodėmklausys lenkas pranciškonas tėvas Jan Warchał nenuilstamai rūpinosi koplyčios įrengimui reikalingų lėšų paieškomis. Italų architektas Camillo Boito akylai sekė darbus, tam turėdamas ir asmeninių priežasčių, mat jo motina grafienė Józefina Radolińska buvo kilusi iš senos lenkų aristokratų šeimos.
Būtent C. Boito nusprendė koplyčios sienų tapybą patikėti lenkų dailininkui Tadeusz Popiel, Jan Matejko, garsiojo „Žalgirio mūšio“ paveikslo autoriaus, mokiniui. Prieš imdamasis šio darbo, dailininkas metus gilino sienų tapybos žinias Italijoje.
Koplyčios freskos, sukurtos pačioje XIX–XX a. sandūroje (1899–1900), vis dar dvelkia neogotikos dvasia, tačiau, kaip teigia koplyčios restauratorė Elżbieta Barbara Lenart, jas galima laikyti vienu pirmųjų Art Nouveau stiliaus meno kūrinių Paduvoje. Didžiosios freskos, be abejo, skirtos Lietuvos ir Lenkijos globėjo šv. Stanislovo gyvenimui ir kankinystei. Liunetėse nutapyti Vilniaus Aušros Vartų Dievo Gailestingumo Motinos (kairėje) ir Čenstakavos Madonos (dešinėje) atvaizdai. Virš jų – Lietuvos ir Lenkijos herbai su inicialais RL (Regina Lituaniae) ir RP (Regina Poloniae).
Įsižiūrėję atidžiau, pamatysime ir kitus Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės heraldinius simbolius: Vilniaus vaivadijos herbą Vytį, Žemaitijos herbą – mešką, Gediminaičių stulpus. Turtingoje koplyčios sienų tapyboje išsiskiria ir lenkų bei lietuvių šventųjų figūros.
Priekinės sienos kairėje pusėje regime šv. Kazimiero atvaizdą. Po juo – Jono Sobieskio, Lenkijos karaliaus ir Lietuvos didžiojo kunigaikščio, nenuilstamo kovotojo su Osmanų imperija, biustas (skulptorius Antonio Madeyski, 1906).
Marmurinis koplyčios altorius buvo suprojektuotas C. Boito ir atliktas italų skulptoriaus Antonio Soldini (1900). Altoriaus antependijaus centre regime arkangelo Gabrieliaus figūrą, žvelgiančią į Aušros Vartų Dievo Motiną. Tuo tarpu retabule, po gotikinio stiliaus baldakimu, T. Popiel nutapė šv. Stanislovą. Po langu už altoriaus yra nutapyti dosnių koplyčios aukotojų LDK didikų Radvilų, Sapiegų, Potockių ir airių kilmės grafų O‘Rourke herbai.
Koplyčios sienų apatinę dalį užima paminklinės lentos bazilikoje palaidotiems Lenkijos ir Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės piliečiams. Tarp jų – dviejų Sapiegų giminės atstovų epitafijos. Kristupo Sapiegos (1590–1637), Lietuvos pataurininkio (1633–1637), pasižymėjusio kovose su Osmanų imperija ir Maskva, 1637 m. atvykusio į Italiją gydytis ir mirusio tų pačių metų lapkričio 27 dieną Paduvoje. O taip pat – jo brolio Aleksandro Kazimiero Sapiegos, Lietuvos didžiojo pastalininko, mirusio Paduvoje 1619 m. rugpjūčio 15 d. paminklinė lenta (dalis jo palaikų grįžo amžinajam poilsiui į tėvynę, dalis – palaidota Šv. Antano bazilikoje).
Šv. Stanislovo koplyčios restauravimo darbai truko gerą dešimtmetį (nuo 2005 iki 2018 m.)
