Iš Tomo Andersono asmenybės kadaise išsilaisvinęs Neo (akt. Keanu Reeves) naujausioje dalyje ir vėl yra Tomas Andersonas, kuris dirba dangoraižyje, gurkšnoja brangią kavą ir kuria žaidimus. Už „Matricos“ žaidimų trilogiją jis tapo legenda. Pasirodo, visa tai buvo jo negaluojančios fantazijos kūrinys, jo nesusitaikymo su kapitalistinio gyvenimo pilkuma padarinys. Su terapeutu (akt. Neil Patrick Harris) Tomas aptarinėja ir vėl išvydęs Trinitę (akt. Carrie-Anne Moss). Tik jos vardas dabar Tifani, be to, ji savo išrinktojo nepamena.
Kurį laiką juosta sukiojasi aplink klausimą, kurio atsakymą greičiausiai nuspės net pirmųjų filmų nematęs žiūrovas – tai išsigalvojo Neo „Matricos“ įvykius ar ne? Skirtingos tikrovės atsirado tik jo galvoje ar egzistuoja iš tiesų?
