Vėliau leidinys keitėsi, formavosi kaip intelektualios krypties laikraštis, „turintis žurnalo sielą“ (Vytautas Kavolis). Vienu metu leistas kaip „Lietuvos aido“ priedas. Jame susitelkė daug kūrybingų asmenybių – Sigitas Geda, Antanas Danielius, Pranas Morkus, Laimantas Jonušys, Solveiga Daugirdaitė, Gintarė Adomaitytė, Jūratė Stauskaitė, Jurgis Kunčinas, Linas Paulauskis, Jūratė Visockaitė, Julius Sasnauskas, Virginijus Gasiliūnas (Paulius Tolvaiša), Vanda Juknaitė ir kiti.
„Šiaurės Atėnuose“ tarp 2000 ir 2005 metų ypač suvešėjo lietuvių eseistika, siejama su Sigito Parulskio, Gintaro Beresnevičiaus, Alfonso Andriuškevičiaus, Giedros Radvilavičiūtės, Danutės Kalinauskaitės vardais ir tekstais. Klestėjo stipri dailės, kino, teatro, televizijos kritika; eksperimentines formas įgavo literatūrinės recenzijos žanras (Castor&Pollux). Leidinyje buvo spausdinami fundamentalūs filosofijos, religijos, politikos straipsniai (pvz., Romualdo Ozolo rašiniai), originalioji grožinė literatūra, netipinė publicistika, pokalbiai. Pabrėžiama laisvo intelektualo laikysena, ironija, alternatyva oficiozinei kultūros sampratai.
2000-aisiais, minint „Šiaurės Atėnų“ dešimtmetį, Gintaras Beresnevičius rašė: „Ir labai netoli, tame pačiame savaitraštyje, per esė, recenzijas, per aštrias briaunas siūlomas modelis: joks tekstas negali būti priimamas su pamaldžiu pasitikėjimu griūvant kryžiumi. Joks politinis, ideologinis, meninis tekstas, kūrinys. Tai pretekstas dialogui, o dialogo pradžia – klausimas ir klausimas, kritika“ („10 metų be erdvės baimės“, ŠA, 2000 02 05). Tai labai svarbu nedidelės šalies kultūros bendruomenėje, kur reiškiniai netrokšta būti dekonstruojami. Šiuo metu leidinys yra atviras visų pažiūrų autoriams, bet jame intensyvesnė kairioji intelektualinė mintis (publicistikos rubrika „Polis“, redaktorius Karolis Dambrauskas).
Šiandien „Šiaurės Atėnai“ yra virtę dvisavaitiniu laikraščiu (nuo 2015-ųjų), leidžiamu 1 500 tiražu. Paradoksalu, bet esama skaitytojų, kurie prenumeruoja leidinį nuo pat pirmųjų numerių, yra išsaugoję į segtuvus susegtus rinkinius. Šis faktas liudija kultūros saugą – esama kažko, kas tarsi ir nebeturi prasmės interneto eroje, bet negali būti išmetama lengva ranka, nes tai svarbiau už ekonominius pasiekimus. Tai – mūsų visų mentaliteto istorija.
Laikraštis visuomet yra bendruomeninis projektas – jis skirtas tiems, kuriems skaityti ir rašyti būtina taip pat, kaip kvėpuoti. Publikacijų „Šiaurės Atėnuose“ pagrindu išėjo daugybė knygų, formavosi kultūrologijos sąvokos, rutuliojosi humanistinės idėjos. Vyko aistringa polemika, buvo kapojamos tekstų malkos, lėkė žodžių skiedros. Ačiū tiems, kurie dalyvavo šiame svarbiame darbe.
