Sukilimo pradžia buvo taikyta prie 1941 m. birželio 22 d. prasidėjusio Vokietijos puolimo prieš Sovietų Sąjungą. Svarbiausi sukilimo uždaviniai – paskelbti Lietuvos nepriklausomybę ir sudaryti Lietuvos Laikinąją Vyriausybę – prieštaravo abiejų okupantų – tiek besitraukiančių sovietų, tiek ateinančių nacių planams. Sukilime aktyviai dalyvavo apie 20 tūkst. sukilėlių visoje Lietuvoje, sukilimą palaikė didžioji Lietuvos gyventojų dalis. Pasak moderniosios istoriografijos kūrėju vadinamo Edvardo Gudavičiaus, Birželio sukilimas vertintinas kaip „vienas didingiausių mūsų istorijos momentų, tautos žygdarbis“, kai pavergta, naikinama tauta sugebėjo žaibiškai ir vieningai sukilti.
Sukilimą rengė 1940–1941 m. antisovietinio pasipriešinimo judėjimo dalyviai, kuriuos sąlyginai galima suskirstyti į dvi grupes. Pirmajai priskirtini tie, kurie nepriklausė organizuotam pogrindžiui, tačiau nuo pat pirmosios sovietų okupacijos dienos nebijojo kritiškai, priešiškai pasisakyti įvairių sovietų režimo realijų atžvilgiu. Antrajai grupei priskirtini tie gyventojai, kurie priklausė organizuotam pogrindžiui.
Organizuoto antisovietinio pogrindžio pradžia sąlyginai galima laikyti 1940 m. birželio 15-ąją, kai Sovietų Sąjungos pajėgos okupavo Lietuvą. Tarp pasipriešinimo judėjimo narių buvo nemažai moksleivių – pogrindinės Ateitininkų sąjungos narių, taip pat uždraustos Šaulių sąjungos atstovų ir kt. 1940-ųjų rugsėjį antisovietinis sąjūdis Lietuvoje vis labiau plėtėsi, tačiau nebuvo glaudaus bendradarbiavimo, tvirtų ryšių, dėl to kilo būtinybė įsteigti pasipriešinimo centrus, kurie koordinuotų pogrindininkus.
VDU profesorius, ateitininkų korporacijos „Grandis“ įkūrėjas dr. Adolfas Damušis, ateitininkas ekonomistas Leonas Prapuolenis, Ateitininkų federacijos generalinis sekretorius Jonas Senauskas ir kiti 1940 m. spalio 9 d. įsteigė Kauno sektoriaus lietuvių aktyvistų štabą, kuriame buvo apie penkiolika asmenų. Apytikriai tuo pačiu laiku Vilniuje irgi įkurtas pasipriešinimo centras, kurio vadovu tapo gen. štabo majoras Vytautas Bulvičius. Lietuvos pasiuntinio ir įgaliotojo ministro Vokietijai Kazio Škirpos iniciatyva jo bute Berlyne 1940 m. lapkričio 17 d. įvyko steigiamasis susirinkimas, kuriam pirmininkavo Lietuvos tautinio komiteto pirmininkas Ernestas Galvanauskas. Po steigiamuoju aktu pasirašė 28 asmenys. 1940-ųjų gruodį Berlyno LAF'o (Lietuvių aktyvistų fronto) ryšininkai kpt. Albertas Švarplaitis, kpt. Bronius Michelevičius per sieną atvyko į Lietuvą ir užmezgė ryšius su Lietuvos pogrindžiu, pasipriešinimo centrai Kaune ir Vilniuje pradėti vadinti LAF'u.
Apie tai, kad Lietuva turi priešintis sovietų režimui tiek ginkluotu, tik kitais būdais, jau buvo kalbama 1940-ųjų vasarą, tačiau sukilimui tikslingai pradėta rengtis susikūrus pasipriešinimo centrams, t. y. nuo 1940-ųjų pabaigos. Pasipriešinimo judėjimo dalyviai, siekdami savo tikslo, rengė ir platino antiokupacinę, patriotinio pobūdžio literatūrą, kaupė ginklus, formavo kovines Tautinio darbo apsaugos pajėgas, kurios į kovinę parengties būklę turėjo pereiti atsižvelgdamos į žinias apie karo pradžią. Dalį pasipriešinimo judėjimo dalyvių sovietų saugumas susekė ir represavo dar iki sukilimo pradžios. Ypač nuostolingas rezistentams buvo Vilniaus LAF'o štabo vadovybės (mjr. V.Bulvičiaus, kpt. J.Kiliaus, adv. A.Kamantausko ir kitų) represavimas 1941-ųjų birželį.
1941 m. birželio 22 d. prasidėjus karui, organizuoto pogrindžio nariai iš parengties būklės perėjo prie atviros ginkluotos kovos prieš sovietų režimą. Prie jų spontaniškai prisijungė kiti patriotai. Sukilimo centru tapo Kaunas. 1941 m. birželio 22 d., 10 val. ryto, Žaliakalnyje, Aukštaičių g. 4, į posėdį susirinko Kauno LAF'o štabo nariai. LAF'o įgaliotiniu buvo patvirtintas L.Prapuolenis, o jo pavaduotoju P.Žukauskas (Narutis).
Jiems nurodžius partizanai sukilėliai Kaune perėmė savo kontrolėn Prezidentūrą, paštą, telefoną, telegrafą, radijo stotį ir radiofoną. 1941 m. birželio 22 d., apie 15 val., Aleksoto LAF'o radijas pradėjo laidas, skelbiančias, kad lietuviai atkuria savo valstybę, ir ragino raudonarmiečius pasiduoti. 1941 m. birželio 23 d. L.Prapuolenis, dr. A.Damušis, J.Vėbra ir kiti nuvyko į Kauno radiofoną, iš ten 9 val. 28 min. Leonas Prapuolenis LAF'o Vyriausiojo štabo vardu per radiją paskelbė: „Susidariusi laikinoji vėl naujai atgimstančios Lietuvos Vyriausybė skelbia atstatanti Laisvą ir Nepriklausomą Lietuvos Valstybę. Prieš viso pasaulio tyrąją sąžinę jaunoji Lietuvos valstybė entuziastingai pasižada prisidėti prie Europos organizavimo naujais pagrindais. Žiauraus bolševizmo teroro iškankinta Lietuvių Tauta ryžtasi kurti savo ateitį tautinės vienybės ir socialinio teisingumo pagrindais“. Po to buvo paskelbta Lietuvos laikinosios vyriausybės sudėtis, sugrotas Lietuvos himnas ir tautinė giesmė „Lietuviais esame mes gimę“.
Galiausiai nuskambėjo Kipro Petrausko „Saulelė raudona“ – tai buvo sutartas LAF'o signalas Lietuvai sukilti. Nors Lietuva jau buvo sukilusi prieš dieną, tačiau minėti dalykai suteikė sukilimui stiprų papildomą akstiną. Birželio 23-iąją Kaune iškeltos trispalvės, svarbiausi pastatai ir įmonės buvo sukilėlių rankose. Atkakliausios kautynės vyko Šančiuose. Nemaži sukilėlių būriai susidarė „Drobės“, „Metalo“, „Tilkos“ fabrikuose. Jie apšaudė A.Juozapavičiaus prospektu besitraukiančius raudonarmiečius, gynė Kauno geležinkelio stotį, atmušinėjo per Nemuną laiveliais ir keltu besikeliančias Raudonosios armijos dalis. Naktis iš birželio 23-iosios į 24-ąją buvo LAF'o triumfo naktis. P. Žukausko (Naručio) duomenimis, Kaune žuvo 162 sukilėliai. Sukilimas Kaune baigėsi 1941 m. birželio 25 d. vokiečių kariuomenei įžengus į miestą.
Vilniuje sukilimas vyko birželio 23–24 d., jis buvo mažesnio masto dėl kitokios tautinės padėties (iš maždaug 200 tūkst. gyventojų lietuvių buvo apie 10–15 tūkst.) ir dėl to, kad sukilimo išvakarėse sovietai suėmė Vilniaus štabo vadus. Svarbiausias sukilėlių štabas buvo įsteigtas Vilniaus universiteto Teisės mokslų fakulteto dekanato patalpose. Jo nariai, vadovaujant doc. Stasiui Žymantui (Žakevičiui), nutarė sukilti apie 19 val., užimti milicijos nuovadas, geležinkelio stotį, radiją, aerodromą, tiltus, išlaisvinti politinius kalinius iš Lukiškių kalėjimo ir iš traukinių Vilniuje bei Naujojoje Vilnioje, kontroliuoti pagrindines miesto gatves ir kelius iš miesto. Sukilėliai savo slaptažodžiu pasirinko „Gedimino kalną“.
Šiuos tikslus įgyvendinti pavyko. Birželio 23-iąją, apie 15–16 val., sukilo ir Trakų, T.Kosčiuškos gatvių kareivinėse, Karo mokykloje (Antakalnio gatvėje) likę, į pratybas Varėnos ir Pabradės poligonuose 1941 m. gegužės mėnesį neišvežti lietuvių kariai. Jie nukovė politrukus, apšaudė raudonarmiečius šiose gatvėse, Gedimino kalno papėdėje (kalne buvo iškelta trispalvė) ir kitose miesto vietose. Per sukilimą Vilniuje žuvo 42 partizanai sukilėliai.
Ne visose Lietuvos vietovėse sukilėliams pavyko įsitvirtinti ir paimti valdžią iki vokiečių atėjimo: pasienyje esančias Kretingos, Tauragės apskritis naciai labai greitai okupavo. Kai kuriuose centruose sukilėliai įsitvirtino tik kartu su vokiečiais (Telšiai, Tverai). Viso Lietuvoje būta apie 400 partizanų sukilėlių būrių, turėjusių apie 20 tūkst. narių. Vien Kretingos, Mažeikių, Telšių apskrityse buvo 53 būriai, juose kovėsi 3958 partizanai sukilėliai. 1941-ųjų birželio sukilėlių sąjungos tarybos nariai Algimantas Biliūnas ir Alfonsas Žaldokas, naudodamiesi įvairiais šaltiniais, sudarė žuvusių Sukilimo dalyvių sąrašą. Jame minimos 845 pavardės. Birželio sukilimą rašiusieji S.Raštikis ir Z.Ivinskis nurodo gerokai didesnius žuvusiųjų skaičius – apie 2000.
Sukilėliai išvadavo arba sudarė sąlygas išsilaisvinti apie 3300 (vien Kaune beveik apie 2000) politinių kalinių.
Sukilėliai išvadavo arba sudarė sąlygas išsilaisvinti apie 3300 (vien Kaune beveik apie 2000) politinių kalinių. Išlaisvinta beveik pusė Vilniaus kalinių, taip pat Marijampolės, Tauragės, Ukmergės, Utenos kaliniai.
Nors Vokietija ir nepripažino, kaip tikėtasi, Lietuvos nepriklausomybės ir Lietuvos Laikinosios Vyriausybės, sukilimas buvo labai reikšmingas keliais aspektais: sugriovė pasauliui skleidžiamą sovietų mitą apie savanorišką Lietuvos įstojimą į Sovietų Sąjungą, padėjo gyventojams atsigauti po 1940-ųjų vasarą ir vėliau patirtų pažeminimų, įkvėpė tautai ilgai, iki 1990 m. kovo 11 d. trukusiai, kovai už laisvę – po antrosios sovietų okupacijos nemažai sukilėlių tapo Lietuvos laisvės kovos sąjūdžio dalyviais, o tauta atgavo pasitikėjimą, reikalingą naujoms okupacijoms atlaikyti.
