Po režisieriaus ir teatro įkūrėjo Eimunto Nekrošiaus mirties teatro pagrindine misija tapo sukurtų ir dar rodomų spektaklių išsaugojimas, informacijos apie režisieriaus kūrybą skleidimas, jaunų menininkų telkimas.
Siekiant sudaryti sąlygas kurti naujus scenos meno darbus ir projektus teatro veiklai būtinos patalpos, kuriose iki šiol veikia teatro administracija, sukauptas didelis E.Nekrošiaus archyvas, saugomos spektaklių dekoracijos, rekvizitas, kostiumai, įranga ir kita medžiaga, susijusi su E.Nekrošiaus kūryba.
Nuo teatro „Meno fortas“ įsteigimo 1998 m. ši viešoji įstaiga aktyviai dalyvauja Lietuvos ir užsienio kultūrinėje veikloje, kuria spektaklius, rodo juos Lietuvoje ir viso pasaulio garsiausiuose festivaliuose. Per visą gyvavimo laikotarpį buvo parodyta per tūkstantį spektaklių, projektų, eskizų, vyko parodos, koncertai. Daugelis šių meninių projektų sukurta naudojantis Kultūros ministerijos patikėjimo teise valdomomis ir teatrui pagal panaudos sutartį perduotomis patalpomis.
Režisieriaus E.Nekrošiaus kūryba daugiau kaip tris dešimtmečius yra tarptautinės teatro bendruomenės dėmesio centre. E.Nekrošius buvo vienas iš kelių Europos teatro menininkų, reikšmingai paveikusių šiuolaikinio teatro raidą ir atspindėjusių gilumines visuomenines transformacijas. E.Nekrošius dirbo įvairiuose pasaulio ir Lietuvos teatruose, bet didžiausią dėmesį skyrė įsteigtam teatrui „Meno fortas“.