Nidos meteorologijos stoties įkūrimo data laikoma 1898 m. gegužė, nuo tada buvo pradėti skelbti pirmieji Nidos stebėjimų apie kritulius duomenys. Nidos meteorologijos stotis yra įrašyta į Pasaulio šimtamečių stočių sąrašą kartu su dar keturiomis Lietuvoje daugiau nei šimtą metų veikiančiomis Vilniaus, Kauno, Klaipėdos ir Panevėžio meteorologijos stotimis.
Lietuva gali didžiuotis ilgamečiais meteorologiniais ir hidrologiniais stebėjimais, kurių ilgos eilės leidžia stebėti ir vertinti klimato pokyčius vykstančius mūsų šalyje ir ne tik joje. Nedaug Europos šalių gali pasigirti tokiais ilgamečiais meteorologinių stebėjimų duomenimis kaip Lietuva, kur meteorologiniai stebėjimai pradėti net 1770 metais.
Per 115 metų Nidos meteorologijos stotis keletą kartų „keliavo“ iš vienos vietos į kitą pačioje Nidoje ar jos apylinkėse, kol pagaliau 1965 m. įsikūrė prie Kuršių marių, kur yra ir dabar.
Iki 1946 m. meteorologiniai matavimai Nidoje buvo atliekami įvairių gamintojų, daugiausiai vokiečių, prietaisais, vėliau – Sovietų Sąjungoje gamintais prietaisais. Po 1990 m., atkūrus Lietuvos nepriklausomybę ir toliau buvo naudojami Rusijoje gaminti prietaisai, o nuo 2010 m. Nidos meteorologijos stotyje sumontuota moderni suomių kompanijos „Vaisala“ matavimų įranga. Daugelis meteorologinių parametrų šiuo metu matuojami automatiškai ir kas valandą perduodami į centrinę duomenų bazę Vilniuje.
Nuo 2011 m. liepos mėn. Nidos meteorologijos stoties stebėtojai dirba tik dienos metu, kuomet papildomai stebi atmosferos reiškinius, debesuotumą, atlieka fenologinius augalų bei kitus stebėjimus, kurie negali būti fiksuojami automatiniais prietaisais.
Šimtmečio laikotarpiu daug įvairių žmonių dirbo stebėtojais ir vadovais. Daugelis jų buvo ryškios, stiprios asmenybės. Nidos meteorologai visada buvo aktyvūs bendruomenės nariai, savo miesto ir krašto patriotai. Nepriklausomos Lietuvos laikotarpiu, 1935 m. rugpjūčio 1 d. Nidoje atkūrus meteorologijos stotį, jai vadovavo Juozas Bulanavičius, vėliau joje dirbo Stasys Čekanauskas. Nuo 1937 m. spalio 1 d. stebėtoju dirbo Bonaventuras Juodviršis. Vokietijai užėmus Klaipėdos kraštą, Nidos meteorologijos stotis buvo uždaryta.
Nuo pirmųjų pokario metų, 1946 m. atkūrus stebėjimus ir iki 1981 m., Nidos stočiai vadovavo Alfonsas Kairys. Kaip savo prisiminimuose rašė A. Kairys, pirmieji metai buvo sunkūs. Atvykus į Nidą reikėjo būti ir radistu, ir meteorologu, ir mokytoju. Trūko norinčių dirbti stebėtojais, nebuvo transporto, trūko meteorologinių prietaisų.
Tam, kad būtų perduota meteorologinė informacija, reikėjo sukti rankinį elektros generatorių. Nuo 1981 m. iki 2012 m. stoties viršininku dirbo A. Kairio mokinys, Kęstutis Jonas Vaitkevičius, kuris 1969 m. baigęs Vilniaus universitetą, pradėjo savo karjerą Nidos meteorologijos stotyje. Daugiau nei 30 metų stotyje stebėtojomis dirbo Danutė Aleksandra Januševskaja, Elena Lipnickienė bei daugelis kitų žmonių, ne vieną dešimtmetį susieję savo gyvenimą su meteorologija. K. J. Vaitkevičiui išėjus į užtarnautą poilsį, Nidos meteorologijos stočiai pradėjo vadovauti Ilona Harrak.